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这是我正在尝试做的事情：

  1. 我想使用离散的 Kolmogorov-Smirov Goodness-of-fit test，目前仅在 R 中可用。此外，R 也有正常的 KS 测试——我不想使用这个测试。
  2. 我是 python 用户，所以需要将离散 KS 测试移植到 python，为此我正在尝试使用 rpy2.

我面临的问题，正如此处更详细的统计信息所详述的那样，rpy2似乎用标准版本替换了导入的离散测试。我知道这一点，因为它在测试时不会产生正确的答案。

迄今为止的尝试

import rpy2.robjects.packages as r
utils = r.importr("utils")
package_name = "dgof"
utils.install_packages(package_name)

结果是

/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: 

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: 
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpTBas6a/downloaded_packages’
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Updating HTML index of packages in '.Library'

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Making 'packages.html' ...
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning:  done

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
rpy2.rinterface.NULL

好的，到目前为止一切顺利，应该已经安装了它。所以让我们导入它：

# Import Discrete goodness-of-fit package which includes KS and CVM tests.
dgof = rpackages.importr('dgof')

真的进口了吗？让我们来看看：

env = r.wherefrom('dgof')

返回

/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Error: object 'dgof' not found

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: In addition: 
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Warning message:

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: In (function (x, y, ..., alternative = c("two.sided", "less", "greater"),  :
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: 

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning:  cannot compute correct p-values with ties

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)

好吧，这很奇怪，但也许它仍然有效，让我们看看（这与 R 端使用的示例完全相同，应该返回D = 0.66667, p-value = 0.07407）：

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
import numpy as np
a = np.array([1,1,1])
b = np.arange(1,3)
dgof.ks_test(a,b)

返回

D = 0.5, p-value = 0.925086

如果这对你没有任何意义，那很好，你需要知道的是它是错误的。这似乎是错误的，因为不知何故，ks_test正在加载标准以代替离散的标准（我们在上面列表中的第 2 项中讨论的标准）。让我们通过加载标准库和 KS 测试来验证：

from rpy2.robjects.packages import importr
base     = importr('base')
stats    = importr('stats')
import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
import numpy as np

a = np.array([1,1,1])
b = np.arange(1,3)
stats.ks_test(a,b)

返回

D = 0.5, p-value = 0.925086

所以这很酷 - 有谁知道为什么会发生这种情况？

注意： 这个问题与我的另一个问题有关，但在 python 方面有更多细节。

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真的进口了吗？让我们来看看：

env = r.wherefrom('dgof')

返回

/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Error: object 'dgof' not found

RRuntimeWarning来自 R 本身，这是人们所期望的。没有对象dgof，因为 R 包命名空间不是对象。

你想要的很可能wherefrom('ks.test')（见 https://rpy2.github.io/doc/v2.9.x/html/robjects_rpackages.html#finding-where-an-r-symbol-is-coming-from）。

之间可能会发生很多事情，这取决于包 'dgof' 正在做什么（如果您来自 Python，R 可以让包开发人员做一些非常奇怪的事情）。

您是否尝试过依赖 R 的调度和函数重载机制？加载 R 包后，在不指定命名空间的情况下dgof调用。ks.test

dgof = rpackages.importr('dgof')
import rpy2.robjects
# "generic" function ks.test
ks_test = rpy2.robjects.r('ks.test')
# Use it
ks_test(a, b)
于 2019-01-20T16:49:16.333 回答