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我有一个小的 python 程序，它使用 h5py 模块创建一个 hdf5 文件。我想编写一个 python 模块来处理 hdf5 文件中的数据。我怎么能那样做？

更具体地说，我可以将 numpy 数组设置为 PyArrayObject 并使用 PyArg_ParseTuple 读取它们。这样，我可以在编写 python 模块时从 numpy 数组中读取元素。如何读取 hdf5 文件以便我可以访问单个元素？

更新：感谢以下答案。我需要从 C 而不是从 Python 读取 hdf5 文件-我知道该怎么做。例如：

import h5py as t
import numpy as np
f=t.File('\tmp\tmp.h5', 'w')
#this file is 2+GB
ofmat=np.load('offsetmatrix.npy')
f['FileDataset']=ofmat
f.close()

现在我有一个名为 '\tmp\tmp.h5' 的 hdf5 文件。我需要做的是使用 C（而不是 python）从 hdf5 文件中读取单个数组元素，以便我可以对这些元素做一些事情。这显示了如何扩展 numpy 数组。如何扩展hdf5？

编辑：语法

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h5py 为您提供了一个直接接口，用于读取/写入和操作存储在 hdf5 文件中的数据。你看过文档吗？

http://docs.h5py.org/

我建议从这些开始。这些有如何进行简单数据访问的非常清晰的示例。如果您正在尝试做的特定事情没有被 h5py 中的方法所涵盖，您能否更具体地描述您想要的用法？

于 2011-03-22T19:41:42.370 回答
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如果您实际上不需要 HDF5 的特定结构，但只需要速度和跨平台兼容性，我建议您看一下PyTables。它具有读取和写入 Numpy 数组的内置能力。

于 2011-03-22T20:02:05.027 回答