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我有一张这样的桌子：

> updownregtable                                                           
             PIM WDR MYC OBX                                               
ILMN_1651282 0   0   0   0                                                 
ILMN_1651354 0   0   0   0                                                 
ILMN_1651358 0   0   0   0                                                 
ILMN_1656638 0   0   0   0                                                 
ILMN_1657235 0   0   0   0                                                 
ILMN_1657639 -1  0   0   0

行名是基因的代码。列名是细胞中的转染。

我用以下链接中的函数制作了一个 vennDiagram：http: //bioinfo-mite.crb.wsu.edu/Rcode/Venn.R

在制作 vennDiagram 之前，vennCounts 结果给出以下输出：

> vennCounts(regulationtable)
      PIM WDR MYC OBX Counts
 [1,]   0   0   0   0    740
 [2,]   0   0   0   1      5
 [3,]   0   0   1   0      1
 [4,]   0   0   1   1      0
 [5,]   0   1   0   0      4
 [6,]   0   1   0   1      1
 [7,]   0   1   1   0      0
 [8,]   0   1   1   1      0
 [9,]   1   0   0   0      6
[10,]   1   0   0   1      0
[11,]   1   0   1   0      0
[12,]   1   0   1   1      0
[13,]   1   1   0   0      1
[14,]   1   1   0   1      0
[15,]   1   1   1   0      0
[16,]   1   1   1   1      0

现在我想在该组中存储的所有基因名中为每行创建一个列表。例如像这样：

第 1 组 - 创建一个包含 740 个基因名的列表

第 2 组 - 创建一个包含 5 个基因名的列表

第 3 组 - 创建一个包含 1 个基因名的列表

第 5 组 - 创建一个包含 4 个基因名的列表

第 6 组 - 创建一个包含 1 个基因名的列表

第 9 组 - 创建一个包含 6 个基因名的列表

第 13 组 - 创建一个包含 1 个基因名的列表。

你能帮助我吗？

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这是一种可能的解决方案。基本上它涉及将矩阵转换为字符向量，因为有用于匹配文本字符串的便捷函数。

## create an example matrix - analagous to your 'updownregtable'                                                                               
nc <- 4
nr <- 1000
M <- matrix(rbinom(nr*nc,1,0.5),
            nrow = nr, ncol = nc,
            dimnames = list(sapply(1:nr, function(i) paste(sample(letters,5),collapse='')),paste('V',1:nc)))
## function for converting rows of a matrix to lines of text                                                                                   
matrix2text <- function(y) apply(y,1,function(x)paste(x,collapse=','))
## unique entries - analagous to the first four columns of your matrix                                                                         
## vennCounts(regulationtable)                                                                                                                 
Mu <- matrix2text(unique(M))
names(Mu) <- NULL
## convert the full matrix to text                                                                                                             
Mc <- matrix2text(M)
## find the matching groups                                                                                                                    
matching.groups <- sapply(Mu,function(x)names(grep(x,Mc,value=TRUE)))
## here are the counts per group                                                                                                               
counts.per.group <- sapply(matching.groups,length)
于 2011-06-20T18:15:45.907 回答