尝试此代码
library(future)
library(foreach)
ncores <- 3
cl <- parallel::makeCluster(3)
avail <- bigstatsr::FBM(ncores, 1, type = "integer", init = 1)
doFuture::registerDoFuture()
res <- vector("list", 5)
for (i in seq_along(res)) {
while (sum(avail[]) == 0) {
cat("Waiting..\n")
Sys.sleep(0.5)
}
ind.avail <- which(avail[] == 1)
cat("Available:", length(ind.avail), "\n")
plan(cluster, workers = cl[ind.avail])
foo <- foreach(i = 3:1) %dopar% {
Sys.sleep(i)
}
print(one <- ind.avail[1])
avail[one] <- 0; print(avail[])
res[[i]] <- cluster(workers = cl[one], {
Sys.sleep(5)
avail[one] <- 1
i
})
}
sapply(res, resolved)
parallel::stopCluster(cl)
我得到的错误:Initialization of plan() failed, because the test future used for validation failed. The reason was: Unexpected result (of class ‘NULL’ != ‘FutureResult’) retrieved for ClusterFuture future (label = ‘<none>’, expression = ‘NA’)
。
我试图重现我的真实问题的示例的解释:
- 我在两个步骤中循环了很多次(这里是 5 次)
- 第一步很容易与 foreach 并行
- 第二步不容易并行化,依赖于第一步
所以我的想法是在所有可用集群上并行化第一步,并仅使用一个集群异步运行第二步。在此异步作业完成之前,此集群将不再可用。然后下一步将减少一个可用的集群,依此类推。当第一步没有可用的集群时,它会等待一些异步作业完成并释放一些集群。