0 
s=1

r=m=n=o=p=q=u=t=19

myfile = fopen ("sequence2.txt", "w", "ieee-le");

for a=0:1

  if(a==1)

      r=5

  endif

  for b=0:r

    if(a==1 && b==5)

    m=11

    endif   

for c=0:m

n=o=19

  for d=0:1

if(d==1)

  n=5

  endif

for e=0:n

  if(d==1 && e==5)

    o=11

        endif   

  for f=0:o

    p=q=19

    for g=0:1

      if(g==1)

    p=5

      endif

      for h=0:p

    if(g==1 && h==5)

      q=11

        endif   

    for i=0:q

      t=u=19

      for j=0:1

        if(j==1)

          t=5

        endif

        for k=0:t

          if(j==1 && k==5)

        u=11

              endif   

          for l=0:u



        s=s+1

        fputs(myfile,num2str(a));

        fputs(myfile,".");

        fputs(myfile,num2str(b)); 

        fputs(myfile,".");

        fputs(myfile,num2str(c));

        fputs(myfile,":");

        fflush(stdout);

        fputs(myfile,num2str(d));

        fputs(myfile,".");

        fputs(myfile,num2str(e)); 

        fputs(myfile,".");

        fputs(myfile,num2str(f));

        fputs(myfile,":");

        fflush(stdout);

        fputs(myfile,num2str(g));

        fputs(myfile,".");

        fputs(myfile,num2str(h)); 

        fputs(myfile,".");

        fputs(myfile,num2str(i));

        fputs(myfile,":");

        fflush(stdout);

        fputs(myfile,num2str(j));

        fputs(myfile,".");

        fputs(myfile,num2str(k)); 

        fputs(myfile,".");

        fputs(myfile,num2str(l));

        fputs(myfile,"\n");

        fflush(stdout);

        end

          end

        end

      end

        end

      end

    end

      end 

end

  end

end 

  end

上面 octave 中的代码是生成一个正在写入文本文件的数字序列。完成执行需要几天的时间，因为它会生成大约 2^36 个数字。所以任何人都可以让我们知道如何在 hpc 中并行化此代码。

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1 回答 1

1

您可能不需要并行化它；通过转向编译语言，您可以将速度提高约 10000 倍。（说真的；见下文。）Octave 甚至 matlab 会因为糖蜜运行而变慢。它们非常适合大型矩阵运算，但大量带有 if 语句的嵌套循环运行缓慢。通常我建议将 Octave/Matlab 代码移动到 FORTRAN，但是由于您已经获得了基本上用 C 语句编写的文件 I/O，因此该代码的 C 等效项几乎可以自己编写：

#include <stdio.h>

int main(int argc, char **argv) {
    int a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l;
    int s,r,m,n,o,p,q,u,t;
    FILE *myfile;

    s=1;

    r=m=n=o=p=q=u=t=19;

    myfile = fopen ("sequence2-c.txt", "w");
    for (a=0; a<=1; a++) {

        if (a == 1)
            r = 5;

        for (b=0; b<=r; b++) {
            if (a == 1 && b == 5) 
                m = 11;

            for (c=0; c<=m; c++) {
                n = o = 19;

                for (d=0; d<=1; d++) {
                    if (d==1)
                        n = 5;

                    for (e=0; e<=n; e++) {
                        if (d==1 && e == 5)
                            o = 11;


                        for (f=0; f<=o; f++) {
                            p = q = 19;

                            for (g=0; g<=1; g++) {
                                if (g == 1)
                                    p = 5;


                                for (h=0; h<=p; h++) {
                                    if (g == 1 && h==5) 
                                        q = 11;                                           

                                    for (i = 0; i<=q; i++) {
                                        t=u=19;

                                        for (j=0; j<=1; j++) {
                                            if (j==1)
                                                t=5;

                                            for (k=0; k<=t; k++) {
                                                if (j==1 && k==5)
                                                    u=11;                                                    

                                                for (l=0;l<=u;l++){
                                                    s++;                                                        
                                                    fprintf(myfile,"%d.%d.%d:%d.%d.%d:%d.%d.%d:%d.%d.%d\n",a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l);

                                                }
                                            }
                                        }
                                    }
                                }
                            }                            
                        }
                    }
                }
            }
        }
    }
    return 0;
}

运行上面的 octave 代码和这个 C 代码（使用 -O3 编译）各一分钟，octave 代码通过了序列中的大约 2,163 个项目，编译后的 C 代码通过了 23,299,068 个项目。所以这很好。

在并行化方面，将其分解为独立的部分很容易，但它们的负载平衡不会特别好。如果您启动（比如说）26 个进程，并给它们 (a=0,b=0), (a=0,b=1)...,(a=0,b=19),(a=1, b=0), (a=1,b=1),.. (a=1,b=5)，它们都可以独立运行，您可以在它们全部完成后将结果连接起来。唯一的缺点是 a=0 作业的运行速度会比 a=1 作业慢一些，但也许这已经足够开始了。

于 2011-03-17T12:57:58.513 回答