我正在编写一个代码来将多个文件的对齐方式转换为 phylip 格式,然后将所有对齐方式输出到一个文件中。我似乎找不到让 AlignIO.write() 获取多个输入文件并生成单个输出文件的好方法。以下代码适用于单个文件:
import glob
from Bio import AlignIO
path = "alignment?.nexus"
for filename in glob.glob(path):
for alignment in AlignIO.parse(filename, "nexus"):
AlignIO.write(alignment, "all_alignments", "phylip-relaxed")