r - list.files() 用于从目录中的某些文件夹中获取文件

Question

我有一个包含许多子文件夹的文件夹，我想要一些不是全部的 CEL 文件。我有一个要从中获取文件的文件夹名称列表，但我不确定我可以在代码中的哪个位置调用该列表

chems =  read.csv("Unique_Chemicals.csv")

其中包含我想从中获取 CEL 文件的文件夹名称，例如 acarbose.Rat.in_vivo.Liver.Repeat

allCELPaths = list.files(pattern = ".CEL$", path = getwd(),
                         recursive = TRUE, full.names = TRUE)

我拥有的代码将从我拥有大约 140 个文件夹的所有化学品中获取所有 CEL 文件路径，我只想获取其中大约 77 个文件夹的路径

Answer 1

像这样的东西可能会让你得到你想要的。

dirs <- paste0(getwd(), "/", chems)
allCELPaths = list.files(pattern = ".CEL$", path = dirs , full.names = TRUE)