r - 当我重建自定义 R 包时，未安装依赖项下列出的包

Question

我正在重建一个自定义 R 包，该包在说明文件的 Depends 行中具有 RcppArmadillo 以及其他库。

我正在运行 R 3.5.1。当我在 RStudio 中重建包时，出现错误：

ERROR: dependency ‘RcppArmadillo’ is not available for package 'custom package name'

根据R Packages book，在重建包时必须安装 Depends/Imports 下的包。

Answer 1

解决方案

改为使用devtools::install()。

解释

根据RStudio 网站，

Build and Reload 命令按顺序执行几个步骤以确保干净和正确的结果：
    1.卸载任何现有版本的包（如果需要，包括共享库）。
    2.使用 R CMD INSTALL 构建和安装包。
    3.重新启动底层R会话以确保重新加载包的干净环境。
    4.通过执行库函数在新的 R 会话中重新加载包。

虽然devtools::install()将为您安装依赖项 - 来自help("install.packages")：

使用 R CMD INSTALL 安装包。如果尚未安装，还将尝试从 CRAN 安装软件包的依赖项。

（强调添加）这不是R CMD INSTALL单独的情况（?INSTALL从 R 或R CMD INSTALL --help命令行等查看 - 没有提到安装所需的依赖项）。

所以，看起来语言

事实上，无论何时安装你的包，这些包（如果还没有的话）都会安装在你的计算机上（devtools::load_all() 也会检查包是否已安装）。

来自 Hadley 的R Packages有点具体；它与使用无关R CMD INSTALL（RStudio 的构建功能显然使用），但适用于devtools::install(). 这是个人喜好问题，但老实说，我强烈建议devtools在您的包开发工作流程中使用。

例子

我rbenchmark通过

remove.packages("rbenchmark")

然后创建了一个虚拟包

devtools::create("SOexample", rstudio = FALSE)

并编辑说明以放入rbenchmarkImports，这SOexample取决于它。我在中添加了以下代码R/hello_world.R：

hello_world <- function() print("Hello, world!")

我试过R CMD INSTALL了，但得到了错误

*安装到库 '/home/duckmayr/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5'<br> 错误：依赖项 'rbenchmark' 不适用于包 'SOexample'<br> *删除 '/home/ Dukemayr/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/SOexample'</p>

但是，如果我尝试devtools::install()：

> devtools::install("SOexample/")
Installing SOexample
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/rbenchmark_1.0.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 5093 bytes
==================================================
downloaded 5093 bytes

Installing rbenchmark
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet  \
  CMD INSTALL '/tmp/RtmpA0NOMe/devtools723832018149/rbenchmark'  \
  --library='/home/duckmayr/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5' --install-tests 

* installing *source* package ‘rbenchmark’ ...
** package ‘rbenchmark’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** demo
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (rbenchmark)
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet  \
  CMD INSTALL '/home/duckmayr/SOexample'  \
  --library='/home/duckmayr/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5' --install-tests 

* installing *source* package ‘SOexample’ ...
** R
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
No man pages found in package  ‘SOexample’ 
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (SOexample)