sequence - 在 Smith-Waterman 算法中找到最大间隙率

Question

我现在正在研究 Smith-Waterman 算法。我知道通过增加间隙惩罚，在我的最终对齐中将获得更少的间隙，但我需要有关如何控制最大间隙率（检测到的字符中间隙字符的比率）的建议？例如：

最大间隙率：50% 序列 1：ABBBBC 序列 2：ABC

最终对齐：AB---C

从检测到的字符的总长度为 6，它将检测多达 3 个有间隙的字符作为相似的对齐。谢谢你。