3

我实验室中的 Window HPC 服务器没有 Rtools，所以当我获取 Rcpp 代码时收到此消息。

Warning message:
running command 'make -f "C:/PROGRA~1/R/R-32~1.2/etc/x64/Makeconf" -f "C:/PROGRA~1/R/R-32~1.2/share/make/winshlib.mk" SHLIB_LDFLAGS='$(SHLIB_CXXLDFLAGS)' SHLIB_LD='$(SHLIB_CXXLD)' SHLIB="sourceCpp_1.dll" WIN=64 TCLBIN=64 OBJECTS="MultiBayes.v1.o"' had status 127 
Error in sourceCpp("./rcode/MultiBayes.v1.cpp") : 
  Error 1 occurred building shared library.

WARNING: The tools required to build C++ code for R were not found.

Please download and install the appropriate version of Rtools:

http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

Execution halted

由于管理人员说在服务器中安装 Rtools 可能需要很长时间，我想知道是否有另一种方法可以避免这个问题并在不安装 Rtools 的情况下运行 Rcpp 代码。

据我所知，构建一个包不会有帮助，因为它在安装它时也使用 Rtools。如有错误请指正。

我可以绕道运行代码吗？

感谢您的任何评论和想法。

4

2 回答 2

6

简要地：

  1. 狭义的答案是“是的，理论上你可以不用 Rtools”，如果你碰巧安装了 gcc 等的二进制相同版本（包括补丁）。实际上，您不能（在 Windows 上）。

  2. 一种简单的解决方法是在 HPC 服务器之外编译代码包，并在其上部署该包的二进制构建。简单的。并且二进制文件不需要 Rtools！

  3. 如果您使用 HPC，您可能还想研究 Linux。

于 2018-08-09T02:56:11.673 回答
0

感谢 Dirk Eddelbuettel，我继续使用解决方案 2 来处理我的问题

这就是我所做的。

  1. 构建包含 .cpp 代码的 R 包，并创建包源（例如 YourPkgName_1.0.tar.gz）

  2. 安装软件包以在您的桌面上创建库。例如，

    install.packages(pkgs = "C:/Users/User/Desktop/YourPkgName_1.0.tar.gz", repos = NULL, type="source")

  3. 将已安装的库从默认文件夹（您的桌面）移动到服务器。我的本地网址是

    C:\Program Files\R\R-3.5.1\library

  4. 您可以通过在 R 脚本中包含以下命令，在未安装 Rtools 的服务器下的 R 中加载 cpp 函数。

    library("YourPkgName", lib.loc = "YourPersonalLibraryDirectory")

于 2018-08-10T09:04:07.070 回答