r - 使用 limma 从 vennDiagram 图中删除框框

Question

vennDiagram()包中没有选项可以limma从维恩图中删除框框。那么谁能告诉我如何调整源代码来解决这个问题？我也想删除角落里的数字。

我很感激。

Answer 1

这是一个快速而肮脏的修复。我修改了vennDiagram源代码，并创建了一个新函数my.VennDiagram，我将其作为GitHub 要点（因为vennDiagram代码相当长）。

这是基于vennDiagram文档中给出的示例的示例。

library(limma)
Y <- matrix(rnorm(100*6),100,6)
Y[1:10,3:4] <- Y[1:10,3:4]+3
Y[1:20,5:6] <- Y[1:20,5:6]+3
design <- cbind(1,c(0,0,1,1,0,0),c(0,0,0,0,1,1))
fit <- eBayes(lmFit(Y,design))
results <- decideTests(fit)
a <- vennCounts(results)

library(devtools)
source_gist("https://gist.github.com/mevers/9c846e6293db44dd37695c46b8f2b6a2")
my.vennDiagram(a)

我没有声称这适用于所有情况。您可能需要进行更多调整。