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Make 可以方便地使具有依赖性的研究和数据分析更具可重复性，例如：

# make file
R = R CMD BATCH --no-save --no-restore 
datafiles = *.csv
outputfiles = *.{pdf,Rout}

.PHONY: all clean

all: fig_A.pdf fig_B.pdf 

clean: 
    rm -f $(datafiles) $(outputfiles)
    rm -rf output
    mkdir output

# produce outputs
fig_A.pdf fig_B.pdf: interim_data.csv plot_figs.R
    $(R) plot_figs.R
    mv plot_figs.Rout ./output

# derive interim data
interim_data.csv: source_data.csv source_to_interim.R 
    $(R) source_to_interim.R 
    mv source_to_interim.Rout ./output

# download source data
source_data.csv: download_source.R
    $(R) download_source.R 
    mv download_source.Rout ./output

从源数据重新生成图形，将所有输出保存到./output. 但是我们可以让事情变得更紧凑吗？例如，通过

  1. 避免重复，例如：

    $(R) script.R
mv script.Rout ./output

  2. 重新组织以更通用地关联代码（本例中为 R 脚本）数据（csv）和输出（pdf、Rout）？

  3. 更好地处理输出到./output目录的导出？

4

1 回答 1

2

1) 和 2)

您可能应该查看 make 的自动变量：

$ cat Makefile
.NOTPARALLEL:

OUTPUT := output
R      = R CMD BATCH --no-save --no-restore
PDF    := fig_A.pdf fig_B.pdf
CSV    := interim_data.csv source_data.csv

all: $(PDF) $(CSV)

$(PDF): plot_figs.R interim_data.csv
interim_data.csv: source_to_interim.R source_data.csv
source_data.csv: download_source.R

$(CSV) $(PDF):
    $(R) $<
    mv $<out $(OUTPUT)

$ make
R CMD BATCH --no-save --no-restore download_source.R
mv download_source.Rout output
R CMD BATCH --no-save --no-restore source_to_interim.R
mv source_to_interim.Rout output
R CMD BATCH --no-save --no-restore plot_figs.R
mv plot_figs.Rout output

自动变量通过 make 作为当前目标的$<第一个先决条件进行扩展（这就是我重新排序fig_A.pdf,fig_B.pdf和的先决条件的原因interim_data.csv）。此外，您可以将带有配方的规则和带有先决条件的规则（和没有配方）分开。

请注意，.NOTPARALLEL它告诉 make 不要并行运行多个配方。在您的情况下，它是必需的，因为您有两个目标 (fig_A.pdf和fig_B.pdf) 生产相同plot_figs.Rout的副产品，这些副产品会被相同的配方移出。如果允许 make 以并行模式运行，则存在竞争条件的风险。

3)

这有点困难，因为您的食谱会产生 2 个不同的输出：*.csv(或*.pdf) 和*.Rout. 并且在设计时并未考虑到这种情况。它更倾向于一种配方=一种文件产品。但我们可以尝试使用宏 ( R) 隐藏这些文件移动：

$ cat Makefile
.NOTPARALLEL:

OUTPUT := output
R      = R CMD BATCH --no-save --no-restore $(1) && mv $(1)out $(OUTPUT)
PDF    := fig_A.pdf fig_B.pdf
CSV    := interim_data.csv source_data.csv

all: $(PDF) $(CSV)

$(PDF): plot_figs.R interim_data.csv
interim_data.csv: source_to_interim.R source_data.csv
source_data.csv: download_source.R

$(CSV) $(PDF):
    $(call R,$<)

$ make
R CMD BATCH --no-save --no-restore download_source.R && mv download_source.Rout output
R CMD BATCH --no-save --no-restore source_to_interim.R && mv source_to_interim.Rout output
R CMD BATCH --no-save --no-restore plot_figs.R && mv plot_figs.Rout output

make函数$(call...)扩展为其第一个参数变量（R$(1)$<$(2)

注意 的定义R：它使用递归赋值运算符 ( =)，而不是简单的赋值运算符 ( :=)，因为我们希望它仅在需要时展开，就在 make 将配方传递给 shell 执行之前。

于 2018-07-31T09:53:08.617 回答