我正在使用 r 上的 geomorph 包运行一些 PC 分析，并试图了解如何对我的标本进行分组。我的样本按周（第 1 周、第 5 周和第 10 周）分组，我正在尝试确认我的代码确实正确并正确分组我的样本。我使用了 cran 文件中的各种编码技巧和另一个 geomorph 快速指南。
基本上我所做的是创建一个 csv 文件，其中每个样本都有一个编号，该编号对应于它们在 TPS 文件中的顺序以及它们来自哪一周。我的 PC 绘图似乎是正确的，但我想确认 R 确实正确读取了我的 csv 文件。我对 R 比较陌生，所以我希望得到一些确认或建议一些更好的代码，以确保第 1 周的分数确实代表第 1 周的样本。我附上了我的 csv 文件的照片片段，以了解它的外观（堆栈溢出的新手，不确定显示它的最佳方式）示例 CSV。任何输入都将不胜感激，无论是确认我的代码是正确的，还是建议一种更好的方法来为具有 tps 文件和 geomorph 的分组变量进行编码。
setwd("/Users/tritz/Desktop/Analysis")
GP <- read.csv("W1w5w10.csv", header=T, row.names=1)
is.factor(GP$Week)
lands <- readland.tps(file.choose())
#My tps file is standard tps file, with specimen number corresponding to
#their order in this file
gpa.lands <-gpagen(lands)
View(gpa.lands)
plotAllSpecimens(lands)
gpagen(lands)
pca.lands <- plotTangentSpace(gpa.lands$coords, legend=TRUE, groups =
GP$Week)
View(pca.lands)
POST EDIT：我要问的具体代码
GP <- read.csv("W1w5w10.csv", header=T, row.names=1)
is.factor(GP$Week)
#This code links my csv file and I am unsure if it is reading correctly
pca.lands <- plotTangentSpace(gpa.lands$coords, legend=TRUE, groups =
GP$Week)
#here is where I generated my PC plot and linked my groups with the week
#factor in my csv