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我的 Mac 上有 Rstudio 版本 1.1.447/R 3.4.4,并且在我的脚本中运行此代码没有任何问题:

NCBI16S<-read_xlsx("accession_taxon_16s.xlsx")

这是readxl版本 1.1.0。

我在计算机集群(UMass GHPCC)中使用 R/3.4.0。这使用readxl版本 1.0.0。我确实尝试重新安装较新版本,readxl并且我认为它是基于此:

install.packages("readxl")

将软件包安装到“/home/gc54a/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4”(因为“lib”未指定)尝试 URL ' https://rweb.crmda.ku.edu/cran/src/ contrib/ readxl_1.1.0.tar .gz' 内容类型 'application/x-gzip' 长度 2036680 字节 (1.9 MB)

但后来,sessionInfo(),它说readxl仍然是版本 1.0.0 - 不知道为什么。

无论如何,在 HPCC R/3.4.0 上,我正在使用导入到我的主目录中的相同脚本和文件,但现在收到一个错误:

read_fun 中的错误(路径 = 路径,工作表 = 工作表,限制 = 限制,垫片 = 垫片,:std::bad_alloc

accession_taxon_16s.xlsx 有 856824 行和两列(NCBI ID 和序列数据)。

我阅读了以前的讨论,但他们似乎专注于 .xls 文件(#373、#432、#416),一旦切换到 .xlsx 就可以正常工作,并且 .xlsx 没有像 .xls 文件那样的无限循环问题。

任何建议将不胜感激!

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