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我一直在处理一些包含基因表达数据的大文件，最近在升级到 R 3.5.0 后，我遇到了将这些数据加载到 R 中的问题。使用大约 8GB 内存（我的 mac 有 16GB RAM）后，如果我尝试读取另一个文件，我会收到以下错误：

Error: vector memory exhausted (limit reached?)

我发现以前的帖子（错误：向量内存耗尽（达到限制？））建议我尝试将环境变量 R_MAX_VSIZE 设置为更高的值，所以我尝试了以下操作：

Sys.setenv(R_MAX_VSIZE = 16e9)

但是，我仍然遇到同样的错误。我没有正确设置环境变量吗？有什么我想念的吗？

会话信息：

R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.5

Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages: [1] data.table_1.11.4

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.0 tools_3.5.0
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3 回答 3

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对于那些使用 Rstudio 的人，我发现设置Sys.setenv('R_MAX_VSIZE'=32000000000)仅适用于命令行，并且在使用 Rstudio 时设置该参数并不能防止此错误：

Error: vector memory exhausted (limit reached?)

在做了一些阅读之后，我找到了这个线程，它澄清了 Rstudio 的问题，并确定了一个解决方案，如下所示：

第一步：打开终端，

第2步：

cd ~
touch .Renviron
open .Renviron

第 3 步：将以下内容另存为 的第一行.Renviron：

R_MAX_VSIZE=100Gb

注意：此限制包括物理内存和虚拟内存；因此在具有 16Gb 物理内存的机器上设置 _MAX_VSIZE=16Gb 可能无法防止此错误。您可能必须使用此参数，具体取决于您的机器规格

于 2018-10-02T16:46:22.230 回答
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R 3.5 对内存分配有一个新的系统限制。从发行说明：

环境变量 R_MAX_VSIZE 现在可用于指定最大向量堆大小。在 macOS 上，除非此环境变量指定，否则最大向量堆大小设置为最大 16GB 和可用物理内存。这是为了避免在 macOS 过度使用内存时杀死 R 进程。

您可以覆盖它。您冒着过度分配和终止进程的风险，但如果您使用 R 3.4.4 或您之前使用的任何东西撞到硬墙，这可能就是发生的情况。

在终端中执行以下命令以创建一个临时环境变量R_MAX_VSIZE，值为 32GB（更改为适合）： export R_MAX_VSIZE=32000000000

或者，如果您不想在每次想要启动 R 会话时打开终端并运行它，您可以将同一行附加到您的 bash 配置文件中。打开终端并找到您的 bash 配置文件open .bash_profile，然后在文本编辑器中添加上面的行。

您仍然必须打开终端并从那里启动 R。您可以通过执行在终端中运行 R ，R也可以打开 GUI open -n /Applications/R.app。

要在 R 会话中进行此更改，请使用Sys.setenv('R_MAX_VSIZE'=32000000000) 并检查值使用Sys.getenv('R_MAX_VSIZE')

于 2018-08-21T20:21:01.347 回答
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对于那些可能不熟悉命令行的人，可以在这里找到解决方案：

简而言之，解决方案是使用usethis包。

usethis::edit_r_environ()将打开主目录中的 .Renviron。这个 .Renviron 影响所有 Rstudio 工作

usethis::edit_r_environ("project")将在您的项目本地打开一个 .Renviron。对此文件所做的更改只会影响在该特定 Rstudio 项目中完成的工作。

打开后，R_MAX_VSIZE可以设置 var。

链接页面还链接到该博客，该博客详细描述了 R 的启动过程。

于 2019-04-27T16:33:51.457 回答