r - 尝试运行 RCyjs 示例时出现 BrowserViz 错误

Question

尝试测试RCyjs包，因为我想了解如何在 R/Shiny 应用程序中使用Cytospace.js 。但是，我运行以下命令：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("RCyjs")
library(RCyjs)

g <- simpleDemoGraph()
noaNames(g)
edaNames(g)
noa(g, "type")
noa(g, "lfc")
eda(g, "edgeType")
eda(g, "score")
g <- simpleDemoGraph()
rcy <- RCyjs(portRange=9047:9067, quiet=TRUE, graph=g);
title <- "simple graph"
setBrowserWindowTitle(rcy, title)

这是安装，也是 RCyjs 小插图中的第一个示例。我收到此错误：

file.exists(browserFile) 中的错误：缺少参数“browserFile”，没有默认值

在 RCyjs(...) 线上。

有人有什么建议吗？当教程似乎不起作用时，不知道该去哪里。

Answer 1

这在 github 提供的开发版 (2.3.6) 和发布版 (2.2.1) 中都已修复。Bioconductor 构建系统也将很快完成其每日轮次，之后biocLite("RCyjs")将安装一个固定版本。

git clone git@git.bioconductor.org:packages/RCyjs
cd RCyjs
R CMD INSTALL .

您的错误报告是一个警钟，促使我们重新思考我们的自动化测试方法。测试基于浏览器的软件包曾经是 Bioconductor 构建过程的一部分，但现在不再是。Max 明智地提议将 travis/ci 与 github 提交集成。我应该在几个月前做这个。