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我在尝试通过降序来按元素排序列表时遇到困难......

我有一个 ByPos_Mindex 对象或来自 1000 个 IRange 对象 (CG_seqP) 的列表

 C <- vmatchPattern(CG, CPGi_Seq, max.mismatch = 0, with.indels = FALSE)



IRanges object with 27 ranges and 0 metadata columns:
           start       end     width
       <integer> <integer> <integer>
   [1]         1         2         2
   [2]         3         4         2
   [3]         9        10         2
   [4]        27        28         2
   [5]        34        35         2
   ...       ...       ...       ...
  [23]       189       190         2
  [24]       207       208         2
  [25]       212       213         2
  [26]       215       216         2
  [27]       218       219         2

长度（这些 IRange 中的 1000 个）

然后我将其更改为仅包含起始整数的列表（我想要的）

CG_SeqP <- sapply(C, function(x) sapply(as.vector(x), "[", 1)) 



[[1]]
 [1]   1   3   9  27  34  47  52  56  62  66  68  70  89 110 112
[16] 136 140 146 154 160 163 178 189 207 212 215 218

（其中 1000 个）

当我尝试使用排序元素列表时会出现问题

 CG_SeqP <- sapply(as.vector(CG_SeqP),order, decreasing = TRUE)

我得到一个我认为是行号的列表，所以如果第一个 IRAnge 对象是 27，我会得到这个......

CG_SeqP[1]
[[1]]
 [1] 27 26 25 24 23 22 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10  9  8
[21]  7  6  5  4  3  2  1

所以减少已经奏效，但不适用于我的实际元素列表>？

任何建议，提前谢谢。

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1 回答 1

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Order 返回序列的顺序而不是向量的实际元素，要提取它让我们看一个玩具示例（我在这里遵循您的想法）：

set.seed(1)
alist1 <- list(a = sample(1:100, 30))

因此，如果您使用当前种子值打印 alist1 ，您将得到以下结果：

> alist1
$a
 [1] 99 51 67 59 23 25 69 43 17 68 10 77 55 49 29 39 93 16 44
[20]  7 96 92 80 94 34 97 66 31  5 24

现在要对它们进行排序，sort您可以使用 function 或使用order，sort只需对数据进行排序，而 order 仅返回排序序列中元素的顺序号。它不返回实际序列，而是返回位置。因此，我们需要使用方括号将这些位置放入实际向量中，以获得正确的排序结果。

lapply(as.vector(alist1),function(x)x[order(x, decreasing = TRUE)])

我已经使用lapply而不是sapply仅仅将结果作为一个列表来执行。您可以根据需要自由选择任何命令

将返回：

#> lapply(as.vector(alist1),function(x)x[order(x, decreasing = TRUE)])
#$a
# [1] 99 97 96 94 93 92 80 77 69 68 67 66 59 55 51 49 44 43 39
#[20] 34 31 29 25 24 23 17 16 10  7  5

我希望这能澄清你的疑问。谢谢

于 2018-06-23T02:58:35.253 回答