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我正在编写一个重新编号蛋白质结构（CIF 文件）然后保存它们的脚本（PDB 文件：Biopython 没有 CIF 保存功能）。

对于我使用的大多数文件，它都有效。但是对于像 6ek0.pdb、5t2c.pdb 和 4v6x.pdb 这样的文件，对于 io.save 函数的同一行，我不断收到相同的 TypeError。当我不重新编号文件时，错误也存在，只有这样的输入和输出：

from Bio import PDB

io = PDB.PDBIO()
pdb_parser = PDB.MMCIFParser()
pdbfile = '/Users/jbibbe/Documents/2018Masterstage_2/Scripts_part2/PDBfiles/5t2c.cif'
structure = pdb_parser.get_structure(' ', pdbfile)
io.set_structure(structure)
io.save(pdbfile[:-4] + '_test.pdb')

错误是：

Traceback (most recent call last):
  File "/Users/jbibbe/Documents/2018Masterstage_2/Scripts_part2/testerfile.py", line 8, in <module>
    io.save(pdbfile[:-4] + '_test.pdb')
  File "/Users/jbibbe/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/Bio/PDB/PDBIO.py", line 222, in save
    resseq, icode, chain_id)
  File "/Users/jbibbe/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/Bio/PDB/PDBIO.py", line 112, in _get_atom_line
    return _ATOM_FORMAT_STRING % args
TypeError: %c requires int or char

我查看了代码和原子属性，但我看不出原子属性的类型有什么问题。atom_format_string 中的大部分部分都由 Biopython 彻底检查，所以我认为它们的类型是正确的。

我希望你能帮助我。如果我能做些什么来改善这个问题，请指出（我是新来的）。

编辑：要清楚，我想做的是

  1. 了解出了什么问题
  2. 保存结构
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1 回答 1

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当 BioPython 尝试使用%c格式在_ATOM_FORMAT_STRING.

更一般地说，像 5T2C（核糖体）这样的大结构不能用传统的 PDB 格式编写。许多程序和库支持两个字符的链名（写在第 21-22 列中），但标准是在第 22 列中有一个单字符的链名。然后您需要对原子编号进行一些扩展以支持超过 99,999 个原子 -最受欢迎的是hybrid-36。

无论如何，BioPython 不支持大的 PDB 文件。

（如果你写了你到底想做什么，有人可能会提出另一种解决方案）

于 2018-05-29T11:15:14.397 回答