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我写了一个闪亮的应用程序，它依赖于 CRAN、bioconductor 和 Github 的一些包。我想将它部署在 shinyapps.io 上，但出现了一些错误。首先，我使用 shinyapp.io 用户指南上的指南。仅使用 R 包“rsconnect”，并使用 setAccountInfo 设置帐户，然后使用 rsconnect::deployApp 部署我的应用程序，但出现以下错误。 在此处输入图像描述

然后我添加 options(repos = BiocInstaller::biocinstallRepos()) 它允许我在 bioconductor 上安装包，但我的应用程序也依赖于 Github 的包，所以得到以下错误。

在此处输入图像描述

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请不要张贴图片。它对字体大小没有帮助，也无法正确传达您的问题。尝试发布您输入的代码和错误，最后是 sessionInfo()。

根据您的错误，您可能错过了文档Using your R packages in the cloud。

为了使 BioConductor 软件包在 shinyapps.io 上成功安装，必须配置 repos 选项...`

检查您的会话使用的存储库

getOption("repos")

默认情况下，您应该看到。缺少 Bioconductor 的地方。 

                                            CRAN 
"https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-08-01" 
                                       CRANextra 
            "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"

您可以在.Rprofile（R 根目录）中进行全局更改。或创建一个新的.Rprofile. 我更喜欢第二种方式，你可以更好地控制。

此处详细介绍了这些步骤RStudio Connect 中的包管理。

添加.Rprofile您要部署的应用程序目录。复制粘贴以下内容。

# A sample .Rprofile file with two different package repositories

local({
  r <- getOption("repos")  
    r["BioCsoft"] <- "https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc" 
    r["BioCann"]  <- "https://bioconductor.org/packages/3.7/data/annotation" 
    r["BioCexp"]  <- "https://bioconductor.org/packages/3.7/data/experiment" 
r["BioCworkflows"]<- "https://bioconductor.org/packages/3.7/workflows"            
    r["CRAN"]     <- "https://cran.rstudio.com" 
  options(repos = r)
})
于 2018-09-11T18:18:51.570 回答