我使用 ape 包在 R 中创建了一个系统发育 NJ 树。我的数据包含来自多个属于已知组的个人的度量。因此，我决定计算这些组之间的马氏距离，以便将协方差结构纳入我的分析中。因此，创建 nj 树不是问题。
require(ape)
lda <- lda(y, as.factor(ynames))
dist <- dist(as.matrix(predict(lda,lda$mean)$x),upper=T,diag=T)
plot(nj(dist))
但是，现在我想为分支拆分计算一些引导值。我会使用 boot.phylo 函数，但在这里我不知道如何处理 FUN （函数）命令，从而正确计算自举数据集的马氏距离。