genetics - 如何删除缺少名称的 snps

Question

我有 1000 G PLINK 格式的数据集，有一些名称为"."的 snps，在 PLINK 中有什么方法可以删除该 snps？

我尝试了无法正常工作的 bcftool 视图。

Answer 1

执行以下命令

 plink --bfile $YOUR_GENOTYPE_FILE --extract SNPS_TO_EXCLUDE.txt --make-bed --out $NEW_GENOTYPE_FILE

其中$变量是您想要的 PLINK BED/BIM/BAM 文件前缀。

SNPS_TO_EXCLUDE.txt看起来像什么？来自PLINK 网站：

--extract通常接受带有变体 ID 列表的文本文件（通常每行一个，但它们可以只用空格分隔），并从当前分析中删除所有未列出的变体。

--exclude对所有列出的变体执行相同的操作。

因此，SNPS_TO_EXCLUDE.txt应该包含一个带有“ .”的行。