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除了 2.7 之外，我还安装了 Python 2.7。再次为 2.7 安装 PyTables 时，出现此错误 -

  • 发现安装了 numpy 1.5.1 包。.. 错误:: 找不到本地 HDF5 安装。您可能需要通过设置HDF5_DIR环境变量或使用--hdf5命令行选项明确说明可以在何处找到本地 HDF5 头文件和库。

我不清楚 HDF 的安装。我再次下载 - 并将其复制到 /usr/local/hdf5 目录中。并尝试按照 PyTable 安装中的建议设置环境变量。有没有其他人有这个问题可以提供帮助？

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hdf5 命令行选项未正确说明（ --hdf5='/usr/local/hdf5' ）。在 setup.py 中添加打印语句可以更容易地确定问题。

于 2011-02-14T12:41:59.260 回答
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我HDF5是用自制软件安装的，所以如下设置环境变量对我有用： HDF5_DIR=/usr/local/Cellar/hdf5/1.8.9

于 2012-12-13T21:43:10.983 回答
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那对我不起作用。

在 Ubuntu 13.10 上——下载最新的 hdf5 和它的 python 句柄后，sudo当我使用的依赖库找不到它们时，我会为 hdf5 的头文件创建一个符号链接——我正在使用 pac bio自定义的核心库虽然使用

sudo updatedb

和

locate hdf5

在我下载并安装了核心库和 python 句柄之后，确实在我的路径中找到了它们

wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/hdf5-1.8.12.tar.gz

和

wget https://pypi.python.org/packages/source/h/h5py/h5py-2.2.1.tar.gz

我必须执行以下操作：

export HDF5_DIR=/mnt/hdf5-1.8.12/hdf5/

pip install tables --force
于 2014-03-01T14:31:58.943 回答
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我必须先安装libhdf5-8和libhdf5-serial-dev。

然后，对我来说，Ubuntu 上的命令是：

export HDF5_DIR=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/

于 2015-04-25T22:21:51.950 回答
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执行以下步骤：

  1. brew tap 自制/科学
  2. 冲泡安装hdf5
  3. 查看 hdf5 的安装位置，它显示在第二步的末尾
  4. export HDF5_DIR=/usr/local/Cellar/hdf5/1.8.16_1/（取决于您计算机上安装的位置）
  5. 这个在 MAC 上为我工作 :-)
于 2016-07-25T21:23:11.133 回答