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我尝试使用 limma r 包对基因表达数据进行分析。我的模型包括因子和数值协变量，我无法同时获得这两种变量的结果。

这是一个例子：

design <- model.matrix(~0+Factor+NumericCov,data=sampleData)
fit <- lmFit(geneExprData,design)
cont.matrix <- makeContrasts(Factor1=FactorLevel2-FactorLevel1,
                             Factor2=FactorLevel3-FactorLevel2,
                             Factor2=FactorLevel1-FactorLevel3,
                             NumericCov = NumericCov,
                             levels=design)
fit <- contrasts.fit(fit, cont.matrix)
fit <- eBayes(fit)
topTable(fit,coef="Factor1")
topTable(fit,coef="Factor2")
topTable(fit,coef="Factor3")
topTable(fit,coef="NumericCov")

这个对吗？还是我不应该使用对比矩阵来分析数值协变量的影响？如果我不使用该makeContrast功能，则更难以查看因子所有级别之间的差异（我需要这样做）。因此，如果这不正确，是否还有一种方法可以定义对比以便同时进行分析的两个部分？

提前致谢！

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