我有一个 Jupyter 笔记本，其中包含我想放入学术论文的所有内容（文本、方程式和图表），以及我想隐藏的代码。
有没有办法以编程方式将笔记本转换为期刊提交可接受的形式？理想情况下，我想要类似knitr's 的功能来创建学术风格的论文，但适用于 Jupyter 而不是专注于 R 的工具。
我找到了几本期刊的pandoc模板（包括我想投稿的期刊），但不清楚它与 Jupyter 的集成程度如何。
我还发现了这种在论文写作过程中使用 Jupyter notebooks 的描述，但作者似乎只是将它用于数据分析和生成图表；它也可能是一个标准脚本。
如果这还不存在，那么为这项任务制作可重用工具需要什么？nbconvert自定义导出器是否足够，或者我是否需要完整的 Jupyter 扩展才能从笔记本界面中指定参考书目和绘图/表格位置？
将您的笔记本转换为 Markdown，然后使用带有过滤器（pandoc crossref 和 pandoc citeproc）的 pandoc 转换为 Word。
您需要标题、章节、交叉引用、引文、编号、带有字幕的图形和表格……这是一个有效的工作流程：您可以首先将笔记本转换为 markdown，这可以使用 nbconvert 轻松完成：
jupyter nbconvert --to markdown --no-prompt your_notebook.ipynb
--no-prompt：如果您不想在手稿中使用，将有助于摆脱代码单元。您还可以在最终输出中不需要的降价单元格中使用隐藏单元格。然后你需要 pandoc 和两个过滤器 pandoc-crossref 和 pandoc-citeproc。我正在使用 windows 和 anaconda 3 来安装它们：
https://anaconda.org/conda-forge/pandoc
https://anaconda.org/conda-forge/pandoc-crossref
好在通过anaconda安装pandoc也会带来pandoc-citeproc。您需要一个与 pandoc 版本（当前为 pandoc 2.5 ）兼容的 pandoc-crossref。因此，从 conda 安装时，您可以使用：
conda install -c conda-forge pandoc=2.5
那么你可以简单地运行：
conda install -c conda-forge pandoc-crossref
最关键的是markdown语法。你必须使用 Markdown 语法来编写你的笔记本，这在 Jupiter 笔记本中是默认的。有趣的例子在这里，这里和这里也是:)。您还需要一个 .bib 格式的参考文件来管理您的引文。然后只需运行以下命令：
pandoc -s your_notebook.md -o your_notebook.pdf -F pandoc-crossref -F pandoc-citeproc --bibliography=your_references.bib -f markdown
你可以把你的整个笔记本变成漂亮、干净的手稿
pandoc 有许多其他的自定义选项：colorlinks、papersize、geometry、number-sections...（参见 pandoc –help）
因此，编写一个自定义的 Jupiter 导出器，您可以结合这两个命令并将您的笔记本导出为手稿。
另一个有趣的方法在这里https://github.com/chrisjsewell/ipypublish