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我可以在多 fasta 文件中搜索主题并打印包含主题的行....但我需要打印所有序列以及包含 fasta 序列的主题的标题行。请帮助我，我只是 perl 的初学者

#!usr/bin/perl -w
use strict;

print STDOUT "Enter the motif: ";
my $motif = <STDIN>;
chomp $motif;


my $line;
open (FILE, "data.fa");
while ($line = <FILE>) {
  if ($line =~ /$motif/)  {
     print $line;
   }
}
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尝试这个：

生物::DB::法斯塔

页面上的说明。如需更多示例或说明，只需在 Google 上搜索：“使用 Bio::DB::Fasta”

要安装它，只需按照以下任何说明进行操作，我建议以超级用户身份使用 CPAN.pm 方法：

安装 Perl 模块

于 2011-02-08T05:58:24.290 回答
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您上面编写的脚本不记得当前的序列标识符，因此您不知道哪个标识符与每个序列相关联。

我在下面修改了您的脚本，将所有 FASTA 序列读入映射（标识符 => 序列）的哈希，然后迭代该哈希，在适当的时候打印出匹配项。对于非常大的序列文件，这将是一种不合适的方法，但是在编写新脚本来分析数据时，学习如何编写这样的小辅助函数可能会大大加快速度。了解如何在 Perl 中使用和操作哈希和其他数据结构也很重要，因为您遇到的大多数代码都不是初学者编写的。

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

print STDOUT "Enter the motif: ";
my $motif = <STDIN>;
chomp $motif;

my %seqs = %{ read_fasta_as_hash( 'data.fa' ) };
foreach my $id ( keys %seqs ) {
    if ( $seqs{$id} =~ /$motif/ ) {
        print $id, "\n";
        print $seqs{$id}, "\n";
    }
}

sub read_fasta_as_hash {
    my $fn = shift;

    my $current_id = '';
    my %seqs;
    open FILE, "<$fn" or die $!;
    while ( my $line = <FILE> ) {
        chomp $line;
        if ( $line =~ /^(>.*)$/ ) {
            $current_id  = $1;
        } elsif ( $line !~ /^\s*$/ ) { # skip blank lines
            $seqs{$current_id} .= $line
        }
    }
    close FILE or die $!;

    return \%seqs;
}
于 2011-02-16T17:24:18.177 回答
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@james_thompson 的回答很棒。如果您正在寻找更多功能的东西，我会使用它。如果您正在寻找一个更简单的版本（也许用于教学？），这也足够了 - 但请注意，如果中间有一个艰难的回报，这将错过主题。

#!usr/bin/perl -w
use strict;

print STDOUT "Enter the motif: ";
my $motif = <STDIN>;
chomp $motif;


my $line;
my $defline;
open (FILE, "data.fa");
while ($line = <FILE>) {
  if ($line =~ /^>/) {
     $defline = $line;
   } elsif ($line =~ /$motif/)  {
     print($defline,$line);
   }
}
close (FILE);

您会注意到我还在文件句柄上添加了显式关闭。

于 2016-04-01T16:26:27.153 回答