pandas - 生命线生存分析导致大型数据框变慢

Question

我正在尝试在 python 中对大型数据集（约 80 行 x 12,000 列）进行生存分析。

目前我正在使用：

from lifelines import CoxPHFitter

cf = CoxPHFitter()
cf.fit(df, duration_col='Time', event_col='Status')

但它非常慢。将数据帧分成 100 个块并多次运行 cf.fit 会稍微快一些，但它的时钟仍然在 80 秒左右。这明显比 R 的 coxph 慢，而且我真的不想使用 rpy2 在 R 中运行分析。

我对如何加快速度有点不知所措，所以任何建议都将不胜感激。