0

我正在利用 python 运行顶级遗传算法来优化 3D 飞机机翼几何形状，以使用 OpenFOAM 实现空气动力学性能。我正在运行 Ubuntu 16.04、Python 3.6 和 OpenFOAM 5。我编写了几个位于 OpenFOAM 案例目录（包含几何 STL 文件、流体动力学参数和网格的目录）中的 shell 脚本。这些脚本执行重复的文件管理命令和 OpenFOAM 并行处理分解程序，以及生成 3D 网格和运行模拟的命令。python 脚本应该完全位于不同的目录中，因为这些案例文件夹中的数百个（如果不是数千个）将作为遗传算法的后代生成。问题是使用 os.subprocess 调用这些 shell 脚本似乎会为脚本中的每个命令生成并终止一个 shell。

#!/bin/bash
rm constant/polyMesh/*
rm constant/triSurface/*.eMesh
rm -rf 0.*
find -type d -name '*e-0*' -exec rm -r {} +
decomposePar (OpenFOAM utility)

我用以下方式调用所述脚本：

subprocess.Popen(['./shellScript'],cwd=r'./pathToDirectory')

我最终得到了错误：

./shellScript: line #: decomposePar no such file or directory

如果 shell 试图decomposePar在 case 目录以外的目录中执行（它应该顺利运行），我可以看到这种情况发生的唯一方法。对于案例管理命令，似乎只有第一个命令有效。我已经抓取了堆栈溢出来解决这个问题，但我不确定我是否找到了一个。我尝试使用os.chdir('casePath')、设置cwd='casePath'和其他几个subprocess我不太明白的参数来设置 python 脚本的工作目录！

我知道我可以将每个 shell 命令转录成 Python，但由于 shell 命令的数量以及将来可能更改这些 shell 脚本，我发现这将非常乏味。我希望我的方法是模块化的并且足够健壮，可以只运行几个我可以根据需要修改的脚本。此外，最终该程序将部署到超级计算机上。并行处理将发生在 OpenFOAM 中的 C++ 级别，而不是 python，所以这不是我关心的问题之一。有什么办法可以做到这一点，我是否错过了一些非常明显的东西？请耐心等待，因为计算机科学不是我的强项，我是一名航空工程师。谢谢！

4

1 回答 1

2

TL;DR：bashrc在 shell 脚本开始时从 OpenFOAM 安装中获取源代码。

在对 OP 进行一些挖掘之后，问题最初是包含的目录decomposePar不在PATH环境变量中。

除非你.的 PATH 中有（这很危险，不要这样做），将当前目录更改为目录不会对查找decomposePar. 在允许运行decomposePar的 shell 脚本中 添加完整路径。decomposePar

例子：

#!/bin/bash
rm constant/polyMesh/*
rm constant/triSurface/*.eMesh
rm -rf 0.*
find -type d -name '*e-0*' -exec rm -r {} +
/full/path/to/decomposePar

但是，在运行时，它无法加载所需的共享库，因为 OpenFOAM 共享库目录不在LD_LIBRARY_PATH环境变量中。为了解决这个问题，OpenFOAMbashrc文件来源于脚本的开头。

例子：

#!/bin/bash
source /path/to/bashrc
rm constant/polyMesh/*
...

对该文件进行排序可以正确设置PATH和LD_LIBRARY_PATH环境变量。

于 2018-02-26T15:56:20.507 回答