1

我正在尝试将数据绘制到具有对数转换的连续 x 轴的图形上。我的代码如下：

（森林图的样本数据）

    tabletext <- cbind(c("Analysis","combined","A","B"),
    c("Observational","0.92 [0.87,0.96]","0.94 [0.89,1.01]","0.88 [0.82,0.95]"),
    c("MR","0.95 [0.92,0.98]","0.96 [0.92,1.00]","0.87 [0.78,0.97]")) 
    mean_mr <- c(NA,0.95,0.96,0.84)
    mean_obs <- c(NA,0.92,0.94,0.85)
    lower_mr <- c(NA,0.92,0.92,0.78)
    lower_obs <- c(NA,0.87,0.89,0.82) 
    upper_mr <- c(NA, 0.98,1.00,0.97)
    upper_obs <- c(NA,0.96,1.10,0.94)

    mean <- cbind(mean_obs,mean_mr)
    lower <- cbind(lower_obs,lower_mr)
    upper <- cbind(upper_obs,upper_mr)

生成森林图：

    library(forestplot)

    forestplot(tabletext,mean,lower,upper,is.summary=c(TRUE,rep(FALSE,3)),
       boxsize=0.2,hrzl_lines=gpar(lwd=1,columns=1:4),xlog=1,
       col=fpColors(box=c("black"),line=c("black")),
       txt_gp = fpTxtGp(label = gpar(fontfamily = "",cex=1.1), 
       ticks=gpar(fontfamily="",cex=0.8),xlab  = gpar(fontfamily = "", cex = 1.1)))

我尝试使用 xlim 指定 x 轴限制，但这对绘图没有影响，并且 xticks 似乎覆盖了 xlog 参数。我还注意到，即使我删除了 xlog 参数，我也无法指定 x 轴限制。有什么方法可以在森林图中的（对数转换）比例上指定 x 轴限制？

4

2 回答 2

0

你有哪个森林图版本？我在帮助页面上找到了这个注释：

“注意：与原始森林图的一个重要区别是当前函数将 xlog 解释为 x 轴采用 log 格式，即您需要提供 antilog/exp 格式的数据。” . 据我了解，xlog 只是在 1 而不是 0 处画线。

如果我运行你的例子

  forestplot(tabletext,mean,lower,upper,is.summary=c(TRUE,rep(FALSE,3)),
           boxsize=0.2,hrzl_lines=gpar(lwd=1,columns=1:4), xlog=1,
           col=fpColors(box=c("black"),line=c("black")),
           txt_gp = fpTxtGp(label = gpar(fontfamily = "",cex=1.1), 
                            ticks=gpar(fontfamily="",cex=0.8),xlab  = gpar(fontfamily = "", cex = 1.1)),
          xticks = c(0.4, 0.77, 0.9, 1)
          )

输出是 在此处输入图像描述

-> 限制以及 xticks 都已更改。

于 2018-02-23T15:11:07.527 回答
0

似乎“剪辑”用于“将置信区间剪辑为箭头的上下限”（根据forestplot 包）。

您可以将其粘贴在您的代码中：clip(c(lower limit value, upper limit value))。例如，在您的代码中，我将下限设置为 0.8，将上限设置为 1.2：

forestplot(tabletext,mean,lower,upper,is.summary=c(TRUE,rep(FALSE,3)), clip(c(0.8, 1.2))
       boxsize=0.2,hrzl_lines=gpar(lwd=1,columns=1:4),xlog=1,
       col=fpColors(box=c("black"),line=c("black")),
       txt_gp = fpTxtGp(label = gpar(fontfamily = "",cex=1.1), 
       ticks=gpar(fontfamily="",cex=0.8),xlab  = gpar(fontfamily = "", cex = 1.1)))

输出绘图图像

奇怪的是，下限不会改变，但上限却被扩展了，所以 xticks 不再覆盖 xlog 参数。希望这有效！

于 2018-02-23T15:24:24.873 回答