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我最近发现了宏以及它们如何令人惊讶地减轻我在 Fiji/ImageJ 上的工作。

我创建了这个宏：

run("Image Sequence...", "open=/home/mario/Desktop/prueba/1/Image-000002.tif");
selectWindow("1");
//setTool("rectangle");
makeRectangle(406, 346, 1132, 845);
run("Z Project...", "projection=[Average Intensity]");
saveAs("Tiff", "/home/mario/Desktop/prueba/1/AVG_1.tif");

该宏的作用是导入存储在引用文件夹中的图像序列，使用模板匹配插件对齐图像堆栈，使用 Z 项目功能（图像 > 堆栈 > Z 项目...）进行焦点堆叠以及使用 tiff 扩展名将新生成的图像保存在同一文件夹中。

但是，我确实有一个包含大量子文件夹的通用文件夹，其中充满了 tiff 文件，因此在每个文件夹中一个一个地应用前一个宏也可能成为一项乏味的任务。我遇到了这个处理批处理的宏：

// "BatchProcessFolders"
//
// This macro batch processes all the files in a folder and any
// subfolders in that folder. In this example, it runs the Subtract 
// Background command of TIFF files. For other kinds of processing,
// edit the processFile() function at the end of this macro.
   requires("1.33s"); 
   dir = getDirectory("Choose a Directory ");
   setBatchMode(true);
   count = 0;
   countFiles(dir);
   n = 0;
   processFiles(dir);
   //print(count+" files processed");

   function countFiles(dir) {
      list = getFileList(dir);
      for (i=0; i<list.length; i++) {
          if (endsWith(list[i], "/"))
              countFiles(""+dir+list[i]);
          else
              count++;
      }
  }

   function processFiles(dir) {
      list = getFileList(dir);
      for (i=0; i<list.length; i++) {
          if (endsWith(list[i], "/"))
              processFiles(""+dir+list[i]);
          else {
             showProgress(n++, count);
             path = dir+list[i];
             processFile(path);
          }
      }
  }

  function processFile(path) {
       if (endsWith(path, ".tif")) {
           open(path);
           run("Subtract Background...", "rolling=50 white");
           save(path);
           close();
      }
  }

但是，我不知道如何将宏中编写的自动化任务与后者合并，因为我不是编码专家。

总而言之，我想从我选择的根目录中自动在每个文件夹和子文件夹中运行我的宏。

任何人都可以编辑和合并以前的宏来完成我的要求吗？

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万一有人遇到这个问题，可以在 ImageJ 论坛中找到答案。

于 2018-02-26T16:48:35.917 回答