r - 使用 model.matrix 函数设计矩阵进行基因表达

Question

需要一些帮助。我的数据如下所示：

Identifier    Sample1    Sample2   Sample3 ...Sample10
Gene1          10.85       9.33      11.04 ... 10.093
Gene2          5.94        7.95      6.46  ... 6.33
...
Gene99         3.93        4.12      7.86  ... 9.45

样品 1 到 4 是正常的，5 到 10 是异常的。

数据存储在称为 DF 的数据帧中。需要使用 model.matrix 函数创建设计矩阵，其想法是使用此信息来拟合线性模型，以便能够识别差异基因。

我不知道如何创建设计矩阵。我已经阅读了文档，但它让我无处可去。该函数的语法似乎并不适合我所拥有的格式。

任何提示表示赞赏。

Answer 1

你需要类似的东西

disease <- factor(rep(c(1,2),c(4,6)))
levels(disease) <- c("normal","abnormal")
design <- model.matrix(~disease)

您是否尝试过阅读limma 用户指南？有很多例子：