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在最初的 Elastic 网络论文中,Zou 和 Hastie,(2005) 检查了前列腺癌数据以进行比较。我想使用glmnetpackage in重新生成结果R。正如论文中提到的,响应是lpsa。训练集和测试集由数据中的变量给出train。我假设alpha = 0.26(如论文中所述)并使用交叉验证来估计lambda. 但我无法得到与论文中给出的相似的均方误差(即 0.381)。我的错误在哪里?

我使用的代码如下所示。

library(ElemStatLearn)
library(glmnet)
x  = model.matrix(lpsa ~ .-train, data = prostate)[, -1]
y = prostate$lpsa
#
trainlab = which(prostate$train=="TRUE")
testlab = which(prostate$train=="FALSE")
y.test = y[testlab]

alph=0.26
en.mod = glmnet(x[trainlab, ], y[trainlab], alpha = alph)

set.seed(1)
cv.out = cv.glmnet(x[trainlab, ], y[trainlab], alpha = alph)
bestlambda=cv.out$lambda.min
en.pred = predict(en.mod, s=bestlambda, newx = x[testlab, ])
MSE.en = mean((en.pred-y.test)^2)
MSE.en
[1] 0.5043356
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根据论文,他们使用了一种名为 LARS-EN 的算法,因此您可能有兴趣签入名为 的包elasticnet,因为它实现了该算法。

于 2018-02-15T12:55:30.387 回答