r - 使用 metafor 包将科学记数法标签添加到森林图

Question

所以我正在meta.for使用R. 我正在准备在科学期刊上发表的数据，我想在我的森林图中添加 p 值，但科学注释的格式为

x10-04

而不是标准

e-04

但是函数ilab中的参数forest不接受expression类对象，而只接受向量

这是一个例子：

library(metafor)
data(dat.bcg)

## REM 
res <- rma(ai = tpos, bi = tneg, ci = cpos, di = cneg, data = dat.bcg,
           measure = "RR",
           slab = paste(author, year, sep = ", "), method = "REML")
# MADE UP PVALUES
set.seed(513)
p.vals <- runif(nrow(dat.bcg), 1e-6,0.02)

# Format pvalues so only those bellow 0.01 are scientifically notated
p.vals <- ifelse(p.vals < 0.01, 
                 format(p.vals,digits = 3,scientific = TRUE,trim = TRUE),
                 format(round(p.vals, 2), nsmall=2, trim=TRUE))

## Forest plot
forest(res, ilab = p.vals, ilab.xpos = 3, order = "obs", xlab = "Relative Risk")

我希望将 p 值的科学记数法格式化为

x10-04

我见过的所有类似问题的答案都建议使用expression()，但这Error in cbind(ilab) : cannot create a matrix from type 'expression'很有意义，因为帮助文件forest指定ilab参数应该是一个向量。

关于如何解决此问题或解决此问题的任何想法？

Answer 1

一个hacky的解决方案是

forest.rma <- edit(forest.rma)

转到第 574 行并更改

## line 574
text(ilab.xpos[l], rows, ilab[, l], pos = ilab.pos[l],

至

text(ilab.xpos[l], rows, parse(text = ilab[, l]), pos = ilab.pos[l],

修复你的 p 值并绘图

p.vals <- gsub('e(.*)', '~x~10^{"\\1"}', p.vals)
forest(res, ilab = p.vals, ilab.xpos = 3, order = "obs", xlab = "Relative Risk")