git - 在 Google Colab 中使用 Git 的方法

Question

有没有推荐的方法将 git 与 colab 集成？

例如，是否可以处理来自谷歌源代码库或类似的代码？

谷歌驱动器和云存储都不能用于 git 功能。

所以我想知道是否有办法仍然这样做？

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如果要克隆私有存储库，最快的方法是创建个人访问令牌并仅选择应用程序需要的权限。然后 GitHub 的克隆命令如下所示：

!git clone https://git_token@github.com/username/repository.git

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git已安装在机器上，您可以使用它!来调用 shell 命令。

例如，要克隆git存储库：

!git clone https://github.com/fastai/courses.git

这是一个克隆存储库并加载存储在其中的 Excel 文件的完整示例。 https://colab.research.google.com/notebook#fileId=1v-yZk-W4YXOxLTLi7bekDw2ZWZXWW216

score 48 · Accepted Answer

在 Google colab中克隆您的私有github存储库的非常简单的方法如下。

您的密码不会泄露
虽然您的密码包含特殊字符，但它也有效
只需在 Colab 单元中运行以下代码段，它将以交互方式执行

import os
from getpass import getpass
import urllib

user = input('User name: ')
password = getpass('Password: ')
password = urllib.parse.quote(password) # your password is converted into url format
repo_name = input('Repo name: ')

cmd_string = 'git clone https://{0}:{1}@github.com/{0}/{2}.git'.format(user, password, repo_name)

os.system(cmd_string)
cmd_string, password = "", "" # removing the password from the variable

score 19 · Accepted Answer

您可以使用 ssh 协议将您的私有存储库与 colab 连接起来

在本地机器上生成 ssh 密钥对，不要忘记将
释义保持为空，查看本教程。
上传到colab，查看以下截图

from google.colab import files
uploaded = files.upload()
将 ssh kay 对移动到 /root 并连接到 git
- 删除以前的 ssh 文件
  ! rm -rf /root/.ssh/*
  ! mkdir /root/.ssh
- 解压你的 ssh 文件
  ! tar -xvzf ssh.tar.gz
- 复制到根目录
  ! cp ssh/* /root/.ssh && rm -rf ssh && rm -rf ssh.tar.gz ! chmod 700 /root/.ssh
- 添加您的 git 服务器，例如 gitlab 作为 ssh 已知主机
  ! ssh-keyscan gitlab.com >> /root/.ssh/known_hosts
  ! chmod 644 /root/.ssh/known_hosts
- 设置你的 git 帐户
  ! git config --global user.email "email"
  ! git config --global user.name "username"
- 最后连接到你的 git 服务器
  ! ssh git@gitlab.com
验证您的私有存储库，请检查此Per-repository deploy keys。
使用注意：要使用推送，您必须为您验证 git 服务器的公共 ssh 密钥! git@gitlab.com:{account}/{projectName}.git
授予写入权限。

score 18 · Accepted Answer

为了保护您的帐户用户名和密码，您可以getPass在 shell 命令中使用并连接它们：

from getpass import getpass
import os

user = getpass('BitBucket user')
password = getpass('BitBucket password')
os.environ['BITBUCKET_AUTH'] = user + ':' + password

!git clone https://$BITBUCKET_AUTH@bitbucket.org/{user}/repository.git

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你几乎可以使用这个链接： https ://qiita.com/Rowing0914/items/51a770925653c7c528f9

作为上述链接的摘要，您应该执行以下步骤：

1-使用以下命令将您的 google colab 运行时连接到您的 Google Drive：

from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')

它需要一个身份验证过程。做它需要的任何事情。

2-设置current directory你想要克隆 Git 项目的路径：

在我的例子中：

path_clone = "drive/My Drive/projects"
%cd path_clone

不要忘记在命令!开头使用。cd

3-克隆 Git 项目：

!git clone <Git project URL address>

现在您将projects在 Google Drive 的文件夹中拥有克隆的 Git 项目（它也连接到您的 Google Colab 运行时机器）

4-转到您的 Google Drive（使用浏览器等），然后转到“项目”文件夹并打开.ipynb您要在 Google Colab 中使用的文件。

5-现在你有了 Google Colab 运行时.ipynb，你想使用它也连接到你的 Google Drive，并且所有克隆的 git 文件都在 Colab 运行时的存储中。

笔记：

1- 检查您的 Colab 运行时是否已连接到 Google Drive。如果未连接，只需重复上面的步骤 #1即可。

2- 使用“pwd”和“cd”命令仔细检查current directory与谷歌驱动器中克隆的 git 项目相关的命令（上面的步骤 #2）。

score 7 · Accepted Answer

三步使用git同步colab与github或gitlab。

生成一个私钥-公钥对。将私钥复制到系统 clibboard 以在步骤 2 中使用。根据需要将公钥粘贴到 github 或 gitlab。

在 Linux 中，ssh-keygen 可用于在 ~/.ssh 中生成密钥对。生成的私钥在文件 id_rsa 中，公钥在文件 id_rsa.pub 中。

在 Colab 中，执行

key = \
'''
paste the private key here 
(your id_rsa or id_ecdsa file in the .ssh directory, e.g.
-----BEGIN EC PRIVATE KEY-----
M..............................................................9
...............................................................J
..................................==
-----END EC PRIVATE KEY-----
'''
! mkdir -p /root/.ssh
with open(r'/root/.ssh/id_rsa', 'w', encoding='utf8') as fh:
    fh.write(key)
! chmod 600 /root/.ssh/id_rsa
! ssh-keyscan github.com >> /root/.ssh/known_hosts 
# test setup
! ssh -T git@github.com
# if you see something like "Hi ffreemt! You've successfully 
# authenticated, but GitHub does not provide shell access."
# you are all set. You can tweak .ssh/config for multiple github accounts

像往常一样使用 git 拉/推。

相同的想法可用于 colab 和 HostA 之间的 rsync（或 ssh），只需稍作改动：

生成一个私钥-公钥对。将私钥复制到系统 clibboard 以在步骤 2 中使用。将公钥粘贴到 HostA 的 .ssh 中的 authorized_keys 中。

在 Colab 中，执行

key = \
'''
paste the private key here
'''
! mkdir -p /root/.ssh
with open(r'/root/.ssh/id_rsa', 'w', encoding='utf8') as fh:
    fh.write(key)
! chmod 600 /root/.ssh/id_rsa
! ssh -oStrictHostKeyChecking=no root@HostA hostnam  # ssh-keyscan

HostA >> /root/.ssh/known_hosts 似乎不适用于 IP。

像往常一样使用 rsync 在 colab 和 HostA 之间同步文件。

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2021 年 9 月更新——出于安全原因，现在不推荐使用 github 使用密码。请Personal Access Token改用——转到 github.com -> 设置 -> 开发者设置 -> 个人访问令牌并为所需目的生成令牌。对于本教程中提到的所有任务，请使用此密码代替您的密码！

有关更多详细信息，您还可以查看我在 Medium 上的文章：https ://medium.com/geekculture/using-git-github-on-google-colaboratory-7ef3b76fe61b

没有一个答案提供像这样一个直接而直接的答案：

GitColab

可能这就是您正在寻找的答案..

适用于公共和私有存储库的 colab，并且不要更改/跳过任何步骤：（全部替换{vars}）

TL;DR 完整流程：

!git clone https://{your_username}:{your_password}@github.com/{destination_repo_username}/{destination_repo_projectname}.git
%cd /content/{destination_repo_username}

!git config --global user.name "{your_username}"
!git config --global user.email "{your_email_id}"
!git config --global user.password "{your_password}"

进行更改，然后运行：

!git add .
!git commit -m "{Message}"
!git push

克隆存储库：

!git clone https://{your_username}:{your_password}@github.com/{destination_repo_username}/{destination_repo_projectname}.git

将目录更改为

%cd使用jupyter 笔记本的line magic 命令将目录更改为 {destination_repo_username} 。

%cd /content/{destination_repo_username}

核实！

拉

健全性检查，看看一切是否正常！

!git pull

如果克隆后没有对远程 git repo 进行任何更改，则应显示以下输出：

Already up to date.

地位

同样检查暂存/未暂存更改的状态。

!git status

它应该显示这个，并选择默认分支：

On branch main
Your branch is up to date with 'origin/main'.

nothing to commit, working tree clean

检查旧日志

检查您在 repo 上所做的先前提交：

!git log -n 4

输出带有日志的 Git 提交 ID：

commit 18ccf27c8b2d92b560e6eeab2629ba0c6ea422a5 (HEAD -> main, origin/main, origin/HEAD)
Author: Farhan Hai Khan <njrfarhandasilva10@gmail.com>
Date:   Mon May 31 00:12:14 2021 +0530

    Create README.md

commit bd6ee6d4347eca0e3676e88824c8e1118cfbff6b
Author: khanfarhan10 <njrfarhandasilva10@gmail.com>
Date:   Sun May 30 18:40:16 2021 +0000

    Add Zip COVID

commit 8a3a12863a866c9d388cbc041a26d49aedfa4245
Author: khanfarhan10 <njrfarhandasilva10@gmail.com>
Date:   Sun May 30 18:03:46 2021 +0000

    Add COVID Data

commit 6a16dc7584ba0d800eede70a217d534a24614cad
Author: khanfarhan10 <njrfarhandasilva10@gmail.com>
Date:   Sun May 30 16:04:20 2021 +0000

    Removed sample_data using colab (testing)

在本地仓库中进行更改

从本地 repo 目录进行更改。

这些可能包括编辑、删除、编辑。

专业提示：如果您愿意，可以通过以下方式将粘贴内容从驱动器复制到 git 存储库：

挂载 Google 云端硬盘：

from google.colab import drive
drive.mount('/content/gdrive')

使用 shutil 复制内容：

import shutil

# For a folder:
shutil.copytree(src_folder,des_folder)

# For a file:
shutil.copy(src_file,des_file)

# Create a ZipFile
shutil.make_archive(archive_name, 'zip', directory_to_zip)

设置 Git 凭据

告诉 Git 你是谁？

!git config --global user.name "{your_username}"
!git config --global user.email "{your_email_id}"
!git config --global user.password "{your_password}"

再次检查遥控器

检查远程 url 是否设置和配置正确：

!git remote -v

如果配置正确，它应该输出以下内容：

origin  https://{your_username}:{your_password}@github.com/{destination_repo_username}/{destination_repo_projectname}.git (fetch)
origin  https://{your_username}:{your_password}@github.com/{destination_repo_username}/{destination_repo_projectname}.git (push)

添加、提交、推送

你知道该做什么。

!git add .
!git commit -m "{Message}"
!git push

享受！

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将私人仓库克隆到 google colab ：

生成令牌：

Settings -> Developer settings -> Personal access tokens -> Generate new token

复制令牌并克隆存储库（相应地替换用户名和令牌）

!git clone https://username:token@github.com/username/repo_name.git

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解决方案https://stackoverflow.com/a/53094151/3924118对我不起作用，因为表达式{user}未转换为实际用户名（我收到 400 错误请求），所以我将该解决方案稍微更改为以下一。

from getpass import getpass
import os

os.environ['USER'] = input('Enter the username of your Github account: ')
os.environ['PASSWORD'] = getpass('Enter the password of your Github account: ')
os.environ['REPOSITORY'] = input('Enter the name of the Github repository: ')
os.environ['GITHUB_AUTH'] = os.environ['USER'] + ':' + os.environ['PASSWORD']

!rm -rf $REPOSITORY # To remove the previous clone of the Github repository
!git clone https://$GITHUB_AUTH@github.com/$USER/$REPOSITORY.git

os.environ['USER'] = os.environ['PASSWORD'] = os.environ['REPOSITORY'] = os.environ['GITHUB_AUTH'] = ""

如果您能够克隆your-repo，则不应在此命令的输出中看到任何密码。如果出现错误，密码可能会显示在输出中，因此请确保在此命令失败时不要共享笔记本。

score 4 · Accepted Answer

我在这里尝试了一些方法，它们都运行良好，但我面临的一个问题是，在笔记本单元格中处理所有 git 命令和其他相关命令变得很困难，例如使用 DVC 进行版本控制。所以，我转向了这个不错的解决方案，Kora。它是一个可以在 colab 中运行的终端仿真器。这提供了与本地机器中的终端非常相似的易用性。笔记本仍然存在，我们可以像往常一样编辑文件和单元格。由于此控制台是临时的，因此不会公开任何信息。GitHub登录和其他命令可以照常运行。

科拉：https ://pypi.org/project/kora/

用法：

!pip install kora

from kora import console
console.start()

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我终于振作起来，为此编写了一个 python 包。

pip install clmutils  # colab-misc-utils

在 /content/drive/MyDrive （如果谷歌驱动器安装到驱动器）或 /content/drive/.env 中创建一个 dotenv 或 .env

# for git 
user_email = "your-email"
user_name = "your-github-name"
gh_key = "-----BEGIN EC PRIVATE KEY-----
...............................................................9
your github private key........................................J
..................................==
-----END EC PRIVATE KEY-----
"

在 Colab 单元中

from clmutils import setup_git, Settings

config = Settings()
setup_git(
    user_name=config.user_name,
    user_email=config.user_email,
    priv_key=config.gh_key
)

然后，您就可以在家里或工作的自己可爱的电脑上做所有的git cloen、修改代码等工作了。git push

clmutils还有一个名为setup_ssh_tunnel设置到 Colab 的反向 ssh 隧道的函数。它还从 .env 文件中读取各种密钥、用户名、主机名。这有点涉及。但是，如果您知道如何手动设置到 Colab 的反向 ssh 隧道，那么您就可以毫无问题地弄清楚它们的用途。详细信息可在 github repo (google clmutils pypi) 上找到。

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如果你想分享你的 repo 和 colab，这很有效。如果您有多个存储库，也可以使用。把它扔进牢房里。

import ipywidgets as widgets
from IPython.display import display
import subprocess

class credentials_input():
    def __init__(self, repo_name):
        self.repo_name = repo_name
        self.username = widgets.Text(description='Username', value='')
        self.pwd = widgets.Password(description = 'Password', placeholder='password here')

        self.username.on_submit(self.handle_submit_username)
        self.pwd.on_submit(self.handle_submit_pwd)        
        display(self.username)

    def handle_submit_username(self, text):
        display(self.pwd)
        return

    def handle_submit_pwd(self, text):
        cmd = f'git clone https://{self.username.value}:{self.pwd.value}@{self.repo_name}'
        process = subprocess.Popen(cmd.split(), stdout=subprocess.PIPE)
        output, error = process.communicate()
        print(output, error)
        self.username.value, self.pwd.value = '', ''

get_creds = credentials_input('github.com/username/reponame.git')
get_creds

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使用以下方式安装驱动器：

from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive/')

然后：

%cd /content/drive/

克隆驱动器中的存储库

!git clone <github repo url>

从 repo 访问其他文件（例如：helper.py 是 repo 中的另一个文件）：

import imp 
helper = imp.new_module('helper')
exec(open("drive/path/to/helper.py").read(), helper.__dict__)

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基于@Marafon Thiago 回答的另一个解决方案：

注意：在带有特殊字符的密码中，使用字符的相应编码。

例如passwd = '@123'，您应该输入：passwd = '%40123'

from getpass import getpass
user = getpass('BitBucket user')
password = getpass('BitBucket password')

!git init
!git clone https://{user}:{password}@bitbucket.org/aqtechengenharia/aqtlibpy.git