mothur - 我开始使用 mothur 版本 - v.1.36.1-，但我收到了一些错误消息（如下所示）。我怎样才能克服这个？

Question

我开始 Mothur 教程 ( https://www.mothur.org/wiki/MiSeq_SOP )。但是从一开始，我在 mothur* 中创建“make.file”时收到了一些错误消息（错误命令如下所示）。我更改了参数，但结果是否定的。我怎么解决这个问题？

****mothur > make.file(inputdir=MiSeq_SOP, type=fastq, prefix=stability)
Setting input directory to: MiSeq_SOP/
prefix is not a valid parameter.
The valid parameters are: type, seed, inputdir, and outputdir.
[ERROR]: did not complete make.file.****

Answer 1

实际上，该prefix参数是 mothur 中的有效参数。就个人而言，我从未遇到过为make.file命令使用前缀的问题，但您的命令应该是有效的。

您可以测试您inputdir的指定是否正确（mothur错误和警告消息不一定是最清晰的）。如果这也有效，我建议您很好地记录此行为并将其发送给mothur团队（根据我的经验，他们反应迅速并随时准备提供帮助）。