我正在处理一个双端全基因组测序的 bamfile，并且想要过滤掉来自特定基因组区域的未映射到正确配对中的读数（这些有时表示结构变异）。我正在使用 samtools，并尝试使用“标志”选项过滤读取，以选择未映射成正确对的读取。如果我是正确的，这些读数的标志值不应该有 2。（https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html）
但是，根据 samtools，我的所有读取都没有映射成正确的对。当我计算（-c）我指定的区域中的所有读取时，没有过滤器，它给我的总数为 179：
samtools view input.bam "8:113483114-113483213" -c
179
当我过滤正确配对的读取时，即标志包含“2”（-f 2），计数为零：
samtools view input.bam "8:113483114-113483213" -f 2 -c
0
我检查了读取是否被识别为配对（-f 1），以及配对是否被映射（-F 8），它们都是：
samtools view input.bam "8:113483114-113483213" -f 1 -F 8 -c
179
我还尝试了基因组中的其他区域，并且到处遇到同样的问题。我使用相同的 BAM 文件检查了 IGV 中的区域，IGV 告诉我大多数读取都正确配对，只有少数不是。有谁知道这里发生了什么？BAM 文件是否以不考虑正确配对映射的方式标记？
欢迎任何帮助！非常感谢。