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我一直致力于一个发育生物学项目，标记各种核标记以及 DAPI 染色以确定标记表达的百分比。我发现 ImageJ 插件 ITCN ( http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/itcn.html ) 在使用 CLAHE 程序时也适用于每个标记。我的问题是我有大约 6000 张图像要分析，我希望能够自动化该过程。我已经录制了一个宏，如下所示（它本身可以循环到单个图像文件）：

open("image");
run("8-bit");
run("CLAHE");
run("ITCN ");
close();

但是 ITCN 图标不会自动开始分析，也没有一个易于编程的捷径来完成这项工作。我对任何 Java 编程都一无所知，我很想知道是否有办法解决这个可能很简单的问题。

在此先感谢迈克尔

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正如您所发现的，该ITCN插件被实现为 aPlugInFrame并且其设置不可记录。但是，查看源代码，该插件似乎只是使用了另一个ITCN_Runner在收集选项后调用的类，您应该能够以编程方式调用该类。

但是，您不能从宏语言中执行此操作。可能最简单的替代方法是使用 ImageJ 的内置 Javascript 脚本。例如，像往常一样启动宏记录器，但选择左上角的“JavaScript”。然后前几个命令出现在我面前（为了清晰起见，进行了一些重新格式化）：

imp = IJ.openImage("/home/mark/test.tif");
IJ.run(imp, "8-bit", "");
IJ.run(imp,
       "Enhance Local Contrast (CLAHE)",
       "blocksize=127 histogram=256 maximum=3 mask=*None* fast_(less_accurate)");

然后，如果您查看 ITCN 插件的源代码，您可以了解如何创建ITCN_Runner该类并运行它 - 例如：

runner = new ITCN_Runner( imp,
                          1, /* width*/
                          5.0, /* minimum distance */
                          0, /* threshold */
                          false, /* detect dark peaks */
                          null /* mask ImagePlus */ )
runner.run()

这会在另一个窗口中产生输出，该窗口具有相同的名称但带有"Results "前缀。

于 2011-01-25T11:58:34.387 回答
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谢谢马克。

不幸的是，当我运行 java 脚本时出现错误。

ReferenceError：未定义“ITCN_Runner”。(#6) 在第 6 行

它说 ITCN 跑步者的行中有一个未知来源。我不知道这是否是代码问题，我只是将您的代码复制并粘贴到记录器中而没有进入源代码，或者 ITCN 运行器本身。

再次感谢，

迈克尔

于 2011-01-25T18:07:54.650 回答