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我正在尝试第一次尝试时间序列聚类，需要一些帮助。我已经阅读了有关时间序列聚类的 tsclust 和 dtwclust 包，并决定尝试 dtwclust。

我的数据由不同位置的温度每日时间序列组成（每天一个值）。我想从其温度序列中对空间集群中的不同位置进行分组。我的第一次尝试是（只是复制了一个带有选项的示例并将我的数据 temp.max3）

library(dtwclust)

hc<- tsclust(temp.max3, type = "h", k = 20L,
             preproc = zscore, seed = 899,
             distance = "sbd", centroid = shape_extraction,
             control = hierarchical_control(method = "average"))

但这给了我这个错误信息

stats::hclust(stats::as.dist(distmat), method, members = dots$members) 中的错误：外部函数调用中的 NA/NaN/Inf (arg 11)

我之前必须删除任何系列中存在的所有 NA，导致 temp.max3 数据帧不包含任何 NA 值。

summary(temp.max3)
      8025           8400A            8416            8455      
 Min.   : 6.40   Min.   : 4.60   Min.   : 6.00   Min.   : 4.00  
 1st Qu.:18.80   1st Qu.:17.40   1st Qu.:18.20   1st Qu.:19.00  
 Median :23.20   Median :22.00   Median :22.60   Median :24.00  
 Mean   :23.34   Mean   :22.23   Mean   :22.71   Mean   :23.67  
 3rd Qu.:28.20   3rd Qu.:27.40   3rd Qu.:27.40   3rd Qu.:29.00  
 Max.   :41.40   Max.   :40.60   Max.   :43.00   Max.   :42.00

数据看起来像

head(temp.max3)
      8025 8400A 8416 8455
13127 16.0  14.0 13.5   14
13128 17.8  15.6 17.4   20
13129 18.2  15.2 19.2   18
13130 17.2  15.0 17.6   19
13131 17.0  13.8 15.6   17
13132 21.0  14.0 18.2   19

其中 8025、8400A、8416 和 8455 是站代码（现在只有四个，但最终分析将扩展到 120）。可以在此保管箱链接上找到数据https://www.dropbox.com/s/xru4qnz8grhbxuo/data.csv?dl=0

任何想法，信息链接或示例将不胜感激，在此先感谢

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感谢Alexis的评论，错误消息消失了，脚本运行良好。

library(dtwclust)

temp.max4<-t(temp.max3)

hc<- tsclust(temp.max4, type = "h", k = 2L,
             preproc = zscore, seed = 899,
             distance = "sbd", centroid = shape_extraction,
             control = hierarchical_control(method = "average"))

有了这个输出

在此处输入图像描述

亚历克西斯，对不起，我不能接受评论作为解决方案。

于 2017-12-14T14:04:09.517 回答