python - MuscleCommandline 在 Biopython 中不起作用

Question

我需要将我的 python 脚本与肌肉工具集成以进行多序列比对。我按照 Biopython 上的教程进行操作，这是我的代码：

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
muscle_exe = "muscle.exe"
in_file = "small.fasta"
out_file = "aligned.fasta"
muscle_cline = MuscleCommandline(muscle_exe, input=in_file, out=out_file)

print(muscle_cline)

我正在使用重命名的muscle.exe 文件在正确的文件夹中运行它。但是，除了命令和文件aligned.fasta 没有创建，python 不输出任何内容。我看到了老问题，但似乎没有人遇到过这个问题。Muscle 在正常命令行中工作正常。谢谢你。

Answer 1

在我看来，手册有点混乱。print不会启动肌肉，而只是打印将要执行的命令。你可以通过调用来锻炼肌肉

stdout, stderr = muscle_cline()

或没有 BioPython

import subprocess
muscle_result = subprocess.check_output([muscle_exe, "-in", in_file, "-out", out_file])