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我在将 python 包 PyTransit 和 ktransit 安装到 Anaconda 3（在 Linux 上）时遇到问题。似乎很多其他人都有类似的错误，但他们的解决方案都没有对我有用。发生了一堆事情：

pip install ktransit给出：

/usr/bin/ld: /home/name/anaconda3/lib/libgfortran.a(pause.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata.str1.8' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC

/home/name/anaconda3/lib/libgfortran.a: error adding symbols: Bad value
    collect2: error: ld returned 1 exit status

我会尝试将 ./configure 与 --enable-shared 一起使用，但没有配置文件。我尝试添加extra_compile_args = ["-fPIC"], extra_link_args=["-fPIC"]到 setup.py （如https://github.com/h5py/h5py/issues/851），但什么也没做。

pip install pytransit给出不同的错误：

 #warning "Using deprecated NumPy API, disable it by " \

Warning: src/gimenez.f90:35: Illegal preprocessor directive
    Warning: src/gimenez.f90:36: Illegal preprocessor directive
    Warning: src/gimenez.f90:37: Illegal preprocessor directive
    src/gimenez.f90:271.33:

        real(8), dimension(CHUNK_SIZE, npol) :: d
                                     1
    Error: Symbol 'chunk_size' at (1) has no IMPLICIT type

这就是有趣的地方。使用 pip3（或 sudo pip）允许 ktransit 成功安装，但对 pytransit 没有任何作用。pip 和 pip3 似乎绑定到不同的地方：

which pip
/home/name/anaconda3/bin/pip

 which pip3
/usr/local/bin/pip3

which python
/home/name/anaconda3/bin/python

最后，当我尝试通过 anaconda 在 jupyter notebook 中导入 ktransit 时，它会失败，但是当我在 Jupyter QtConsole 中导入 ktransit 时，它会成功，但似乎包含自身并且不提供实际功能。我的意思是我不能引用模块中的任何内容，并且：

Help on package ktransit:

NAME
    ktransit

PACKAGE CONTENTS
    ktransit (package)
    setup

FILE
    (built-in)

我在想与 /usr/bin 相关联的任何版本的 python 都会以某种方式困扰我……或者我的 gcc 或 libgfortran 有问题？我有 gcc 版本 4.8.5 和 6（gcc --version 提供 4.8.5，但 -update-alternatives 说只有一个版本，6）。

感谢您花时间阅读本文。如果您有任何建议或想法，我将不胜感激！

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1 回答 1

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想通了——我卸载了 Anaconda，确保我的 python 指向正确的方向，然后使用 sudo python -m pip install。感谢 Nagev 推动我摆脱 Anaconda！

于 2017-11-16T14:40:31.683 回答