我正在写一个生物进化模拟器。目前，我所有的代码都是用 Python 编写的。在大多数情况下，这很棒，并且一切都运行良好。然而，这个过程中有两个步骤需要很长时间，我想用 Scala 重写。
第一个问题领域是序列进化。想象一下，给你一个系统发育树，它与大量蛋白质相关联。每个分支的长度代表父子之间的进化距离。树的根以单个序列为种子，然后使用进化模型（例如http://en.wikipedia.org/wiki/Models_of_DNA_evolution）沿树结构进化序列；考虑到分支长度。PyCogent 需要很长时间来执行这一步，我相信一个合理的 Java/Scala 实现会明显更快。您是否知道任何实现此类功能的库。我想用 Scala 编写应用程序，因此，由于互操作性，任何 Java 库都足够了。
第二个问题领域是生成序列的比较。问题是，给定许多不同现存物种中蛋白质的一组序列，尝试使用该序列来重建与物种相关的系统发育树。这个问题本质上是计算要求高的，因为基本上必须在现存物种的所有序列之间进行成对比较。然而，在这里，我觉得 Java/Scala 实现的执行速度要比 Python 快得多，如果只是不幸地 Python 中的循环速度很慢的话。这部分我可以比序列进化部分更容易地从头开始编写，但如果存在一个好的库，我也愿意为它使用一个库。
谢谢，罗伯