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对于是否将 DeLong 方法或 2000 引导程序用作默认 ROC 曲线方法的建议，我将不胜感激。我已经阅读了 pROC pdf 指南，但不确定哪个是默认方法。pdf 的不同部分，特别是在有关 AUC 计算的置信区间的部分中提到 DeLong 或 2000 引导程序是默认值。

我使用的代码包括以下内容：

#generate ROC and Confidence intervals for this bootstrap/dose bin
roc2<-roc(SYNdata_b$Endpoint1,SYNdata_b[,i+2])
roc2_CI<-ci(roc2)

#Generate Youden and Closest to Left
rocY<-coords(roc2,"b",best.method="youden")
roctl<-coords(roc2,"b",best.method="closest.topleft")

非常感谢您在这里的任何建议。

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您正在计算 AUC 的置信区间，因此您正在使用该ci.auc函数。文档页面指出：

默认是使用“delong”方法，除了部分 AUC 和平滑曲线的比较，其中使用 bootstrap。

您没有指定任何部分 AUC 规范，也没有指定任何平滑选项，因此将使用 DeLong 方法。

此外，您可以查看控制台上的输出，其中将显示使用的方法，例如这里的 DeLong：

> data(aSAH)
> rocobj <- roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b)
> ci(rocobj)
95% CI: 0.6301-0.8326 (DeLong)

如有疑问并且该方法对您很重要，最好明确指定该方法：

> data(aSAH)
> rocobj <- roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b)
> ci(rocobj, method = "delong")
95% CI: 0.6301-0.8326 (DeLong)
> ci(rocobj, method = "bootstrap", boot.n = 10000)
95% CI: 0.6296-0.8283 (10000 stratified bootstrap replicates)
于 2017-10-31T09:02:53.257 回答