r - PCA 分析去除质心

Question

我fviz_pca_ind用来制作 PCA 图如下所示。

 fviz_pca_ind(res.pca,  geom="point",  pointsize = 1, habillage=iris$Species, addEllipses=TRUE, ellipse.level=0.95
             , palette = c("green", "orange", "grey")) 

我想删除质心，但保持我得到的不同颜色和椭圆habillage=iris$Species。

col.ind需要一个元素数量等于行数的向量。

Answer 1

这是一种去除质心的方法：

library(factoextra)
data(iris)
res.pca <- prcomp(iris[, -5],  scale = TRUE)
fviz(res.pca, element="ind", geom="point",  pointsize = 1, 
              habillage=iris$Species, addEllipses=TRUE, ellipse.level=0.95, 
              palette = c("green", "orange", "grey"), invisible="quali")