0

我目前正在尝试将 bash 命令的结果放入 Cheetah 变量中：

#set $name = #echo '$input.element_identifier' + ".phy" | cut -d _ -f 1

'$input.element_identifier'作为（某种意义上）指向先前输入文件名称的链接（我尝试在生物信息学软件 Galaxy 的 xml 包装器部分中这样做）

我的问题是 Cheetah 无法识别 echo 命令中的“$”...我尝试了很多其他语法但问题仍然存在（所以我不知道命令的其余部分是否正确）

这是一个相当具体的问题（与 Galaxy 软件的管理和使用有关），我希望我很清楚。

谢谢

4

1 回答 1

1

您当前的方法有两个错误：

  1. #echo不执行操作系统命令，#echo执行 Python 表达式。

  2. #echo不返回结果，#echo将结果放入输出流（HTML 或任何输出）。

要执行操作系统命令，您需要os.system()或subprocess.Popen(). 要分配命令的结果，您当然需要捕获命令的标准输出，Popen以更好地适应任务。

像这样的东西：

#import subprocess
#set $name = $subprocess.check_output($input.element_identifier + '.phy | cut -d _ -f 1', shell=True)
于 2017-10-25T21:27:15.840 回答