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在从事一个项目时，我需要下载和处理 PubMed 摘要的全文文章，是否有任何实现的代码或工具允许用户输入一组 PubMed id 并下载相同的免费全文文章。非常感谢任何类型的帮助或提示。

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由于 PubMed 的性质，我认为一般来说这是不可能的。您将要做的最好的事情是从 PubMedCentral 的 Open Access 子集中获取文章。PubMedCentral 有许多在线实用程序来完成这项工作。

于 2011-01-15T08:30:03.403 回答
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StompChicken 指出的实用程序是供发布者在提交给 PMC 之前验证他们的 XML，它们不是下载工具。

请注意，PMC 中的绝大多数文章都不是开放访问 (OA)，因此无法通过任何方式自动（合法）下载。NCBI 警告：

  • PMC 中的大多数文章都受传统版权限制，不属于该子集。阅读 PMC 版权声明了解更多信息。
  • PMC OAI 服务和 PMC FTP 服务是唯一可用于从该开放访问子集中自动下载文章的服务。
  • 禁止通过任何其他自动化过程系统检索（批量下载）文章，即使您只是从该子集中检索文章。
  • 一些期刊对发表时免费提供的文章使用“开放获取”标签，但仍受传统版权限制。此类文章不属于此子集。

要下载 PMC 内容，最好的方法是使用 PMC Open Access FTP 服务：http ://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/ftp/

您还可以使用 eutils 查询 PMC 并下载 OA 子集的全文以及其余部分的摘要：http: //eutils.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/efetchlit_help.html

另一种选择是使用 OAI 服务：http ://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/oai/

OAI 服务的文档很糟糕，但这里有一些入门技巧：http: //www.biostars.org/p/2076/#13338

如果您想维护和更新 PMC 存储库，请尝试 pubtools：http ://code.google.com/p/pubtools/

于 2012-01-10T20:53:12.820 回答