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我想在 R 中的 heatmap.2 函数的代码中调整 trace 参数（热图中可见的线分割），以最终删除虚线，但保留实线。更一般地说，我还想学习如何调整用户定义的函数。

我在这里找到了有关如何执行此操作的建议：https: //support.bioconductor.org/p/42819/。

但是，当我调整代码中的任何内容（例如跟踪参数的行类型）（使用函数 fix() 或使用另一个名称但使用相同代码创建一个新函数）时，我开始收到某些函数存在的错误在 R 中找不到，例如 invalid() 和 plot.dendrogram()。我为这些功能安装了单独的软件包，但这并不能解决问题。更糟糕的是，当使用 fix() 方法时，heatmap.2 从那时起不断收到这些错误，即使我撤消了代码更改，并且我必须重新安装 gplots 包。

我不明白 heatmap.2 函数是如何毫无问题地运行它们的，但是当我调整代码时，这些底层函数已经找不到了。

TLDR：如何在 R 中安全地调整函数，尤其是 heatmap.2 函数？

任何帮助，将不胜感激。

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通常，您应该能够通过在heatmap.2没有任何选项的情况下运行（很多）来获取所有代码，然后复制它并将其分配给您的 bioconductor 中建议的新功能。这是普遍接受的方法。我认为fix()这里不需要这种方法，因为它确实会覆盖您工作区中的对象（即，除非您清除工作区，否则更改heatmap.2将优先）。为了您的方便，我创建了一个包含普通代码的要点并将其分配给一个新函数。我会将其粘贴到您工作目录中的新文件（例如 heatmap3.R）中，然后source("heatmap3.R")在您当前的分析脚本中。当然你可能需要编辑这个文件，我已经注释掉了我认为是虚线的第 345-348 和 359-362 行。这应该是尝试调整现有函数时的一般策略（除非它们是 S4/S3 或内部函数，否则事情会变得更加棘手）

<script src="https://gist.github.com/FMKerckhof/9dd986191570bec2d68fa50122c22e3a.js"></script>

于 2017-10-25T17:14:26.870 回答