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我可以下载并成功测试NiftyNet包的大脑分割演示。然而，这只给了我预训练网络的最终分割结果，而我也需要访问中间层的输出。

根据这个演示，以下行下载了一个预训练模型和一个测试 MR 卷：

wget -c https://www.dropbox.com/s/rxhluo9sub7ewlp/parcellation_demo.tar.gz -P ${demopath}

${demopath}演示文件夹的路径在哪里。提取下载的文件将创建一个.ckpt似乎包含预先训练的 tensorflow 模型的文件，但是我无法将其加载到 tensorflow 会话中。

有没有办法可以加载预训练模型并访问其所有中间激活图？换句话说，如何将 NiftyNet 库中的预训练模型加载到 tensorflow 会话中，以便我可以通过模型探索或探测任何给定输入图像的某些中间层？

最后，在 NiftyNet 的网站上提到“文献中的一些模型已经（重新）在 NiftyNet 框架中实现”。这些模型的预训练权重是否也可用？该演示使用名为 HighRes3DNet 的预训练模型。如果其他模型的预训练权重也可用，下载这些权重或保存的 tensorflow 模型的链接是什么？

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首先要回答您的“最后”问题，NiftyNet 实施了一些网络架构（例如，VNet、UNet、DeepMedic、HighRes3DNet），您可以使用自己的数据进行训练。对于其中的一些，某些应用程序有预训练的权重（例如，使用 HighRes3DNet 进行大脑分割和使用 DenseVNet 进行腹部 CT 分割）。

其中一些预先训练的权重是从演示中链接的，例如您链接到的分割。我们开始将预训练的模型收集到模型动物园中，但这仍在进行中。

Eli Gibson [NiftyNet 开发人员]

于 2017-10-20T07:25:42.403 回答