-1

5

0001 -417.031

C 1.04168，-0.05620，-0.07148 1.041682，-0.056200，-0.071481

H 2.15109，-0.05620，-0.07150 2.130894，-0.056202，-0.071496

H 0.67187、0.17923、-1.09059 0.678598、0.174941、-1.072044

H 0.67188、0.70866、0.64196 0.678613、0.694746、0.628980

H 0.67188、-1.05649、0.23421 0.678614、-1.038285、0.228641

8

0002 -711.117

C 0.99571、0.01149、-0.09922 0.995914、0.011511、-0.099221

C 2.51489、0.01148、-0.09922 2.514686、0.011466、-0.099226

H 0.61911、0.74910、-0.83887 0.597259、0.729877、-0.819596

H 0.61911、0.28325、0.90938 0.597259、0.276170、0.883106

H 0.61909，-0.99785，-0.36818 0.597278，-0.971531，-0.361167

H 2.89151、1.02083、0.16973 2.913322、0.994509、0.162719

H 2.89149，-0.26027，-1.10783 2.913341，-0.253192，-1.081553

H 2.89149, -0.72612, 0.64042 2.913341, -0.706900, 0.621148

这两个数据点来自化学数据库 GDB 13。我试图理解这些数字代表什么。我知道 5 和 8 是原子序数；0001 和 0002 是原子 ID；-417.031 和 711.117 是原子化能量。但是，我不太明白下面的数字是什么意思。但是，我很确定它们是 3 维空间中的几何表示。如果那是 3 维空间中的几何表示，那么为什么那里有 6 个数字。这6个数字怎么读？

我也在尝试使用 BOB 表示来改造数据，有什么方法可以代替硬编码？如果没有，我正在使用 R，R 能做到吗？

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看看 ‎<em>Int 中的原始论文。J. 量子化学., 2015 , 115 , 1058-1073 ( DOI )。

扩展的 XYZ 格式在文章的图 7 中进行了解释。

没错，第一行表示原子数k，而第二行由标识符和特定分子的原子化能量组成。

接下来的k行包含两组笛卡尔坐标（在 Angström 中）。左侧块包含来自力场计算 (UFF)的x、y、z坐标，而右侧的坐标来自 DFT 计算。

读取和转换各种格式的坐标文件的常用工具是Open Babel。查看J. Cheminformatics中的随附论文，2013 年，3 :33 ( DOI )

Open Babel存在各种绑定，显然，也有一个r。看看。

我刚刚使用 Open Babel 2.3.2 对 Mathias Rupp 的论文补充数据中的第一个条目进行了快速测试：

obabel -ixyz c1.xyz -oxyz -O c1a.xyz

显然，只读入了左边的坐标块！如果您怀疑 UFF 和 DFT 计算中的坐标存在显着差异，那么您可能只能靠自己了。但是，鉴于文件格式已记录在案，这应该不是主要问题。

如果您不介意评论，那么您的问题的标题有些误导。有问题的数据仅与 GDB-13 远程相关。据我所知，Jean-Louis Reymond 的 GDB 文件不包含任何坐标。它们是大型集合 SMILES 字符串，必须为每个条目生成坐标。

于 2017-10-11T16:23:38.970 回答