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在将我的 mac 升级到 10.12.6 (Sierra) 后运行 R 时，R 无法再加载库或访问 Internet 上的任何内容：

> install.packages("devtools")
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Warning: failed to download mirrors file (internet routines cannot be loaded); using local file '/anaconda/lib/R/doc/CRAN_mirrors.csv'

[...]

Warning: unable to access index for repository 
https://cran.cnr.berkeley.edu/src/contrib:

internet routines cannot be loaded
Warning messages:
1: In download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) : 
unable to load shared object '/anaconda/lib/R/modules//internet.so':
dlopen(/anaconda/lib/R/modules//internet.so, 6): Library not loaded: @rpath/libssh2.1.dylib
Referenced from: /anaconda/lib/R/modules//internet.so
Reason: image not found
2: package ‘devtools’ is not available (for R version 3.4.1)

相似地：

> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : 
  internet routines cannot be loaded
In addition: Warning message:
In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  unable to load shared object '/anaconda/lib/R/modules//internet.so':
  dlopen(/anaconda/lib/R/modules//internet.so, 6): Library not loaded: @rpath/libssh2.1.dylib
  Referenced from: /anaconda/lib/R/modules//internet.so
  Reason: image not found

当我从终端运行 R 和从 RStudio 运行 R 时都会发生这种情况（尽管 RStudio 只给我错误，而不是警告，然后仍然失败）。

我发现其他人过去也有类似的问题；一种常见的解决方案是重新安装 XQuartz，我已经这样做了，但没有帮助。

另一个常见的解决方案是更新 LD_LIBRARY_PATH。但是，“libssh2.1.dylib”似乎不存在：“locate libssh2.1.dylib”不返回任何内容。我确实在 /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr/lib/libssh2.dylib 中找到了 libssh2.dylib，这大概是同一件事，但我想 R 没有找到它。

有任何想法吗？谢谢！

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编辑：我找到了一个简单的解决方案。只需下载 .tar 文件并使用命令“R CMD INSTALL mcmcse_1.3-2.tar”，例如，在您的终端中，从保存 .tar 文件的目录中。

我认为 install.packages('package_name') 在 macOS Sierra 上的 R 中不起作用（安装了包管理器 Anaconda）可能是因为 Anaconda 移动了 R 的路径。

只是在 macOS Sierra 10.12.6 上使用 Anaconda 4.2.0 和 R 3.4.1 时标记相同问题的回复。我最初在 /usr/bin/R 中运行 R 3.4.0，但在安装 Anaconda 4.2.0 后，R 在 /Users/[username]/anaconda/bin/R 中变成了 R 3.4.1。

Warning: unable to access index for repository https://www.stats.bris.ac.uk/R/src/contrib:
  internet routines cannot be loaded
Warning messages:
1: In download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) :
  unable to load shared object '/Users/michaelfaulknerlocal/anaconda/lib/R/modules//internet.so':
  dlopen(/Users/michaelfaulknerlocal/anaconda/lib/R/modules//internet.so, 6): Library not loaded: @rpath/libssh2.1.dylib
  Referenced from: /Users/michaelfaulknerlocal/anaconda/lib/R/modules//internet.so
  Reason: image not found
2: package ‘mcmcse’ is not available (for R version 3.4.1)
于 2017-08-31T12:15:50.310 回答
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据我所知，这是 Anaconda2-4.4.0-MacOSX-x86_64.pkg 中的一个错误，我在 /、/Applications/ 和 /Users/[me]/ 中有一个 anaconda/ 目录：我删除了所有这些，并删除了对 .bash_profile 的 Anaconda PATH 更改。R 然后恢复到 /usr/local/bin/R，它没有上面报告的 Internet 连接问题。然后我从头开始重新安装了 Anaconda，然后从 Anaconda-Navigator 安装了 RStudio。'which R' 现在指向 /Users/[me]/anaconda/bin/R （安装时路径已再次更改），并且存在互联网连接问题。即使安装了 Anaconda，直接运行 /usr/local/bin/R 也没有问题。

我已将错误提交为https://github.com/Anaconda-Platform/support/issues/137但现在至少可以使用 /usr/local/bin/R 自己运行 R。

于 2017-09-11T20:09:23.647 回答