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我正在编写一个类的函数来将 sam 文件转换为 bam 文件，然后对其进行排序并在 python 中对其进行索引（我知道在 bash 中很容易实现，但了解更多信息并没有什么坏处）。

类的另一个函数已经在定义的目录 (cwd) 中生成了一个 sam 文件。

这是代码：

def sam2bam(self):
    """
    return a sorted and index bam file in the working directory
    """


    if str(self.fq)[7:9] == '24':
        # create bam
        comnd = "samtools view -bS " + str(self.fq)[0:10] + ".sam > " + str(self.fq)[0:10]  + ".bam"

        print("Converting sam to bam ... (executed command: {})\n".format(comnd))
        comnd_input  = shlex.split(comnd)

        with open((str(self.fq)[0:10] + '.bam'), 'w') as f:
            Popen(comnd_input, stdout = f, stderr = PIPE, cwd = 'G24/' + str(self.fq))


        # sort bam      
        comnd2 = "samtools sort " + str(self.fq)[0:10]  + ".bam -o " + str(self.fq)[0:10]  + ".sorted.bam"  
        print('Sorting bam ... (executed command: {}\n)'.format(comnd2))

        comnd_input2  = shlex.split(comnd2)
        with open((str(self.fq)[0:10] + 'sorted.bam'), 'w') as f_sort:
            Popen(comnd_input2, stdout = f_sort, stderr = PIPE, cwd = 'G24/' + str(self.fq))

        # index bam
        comnd3 = "samtools index " + str(self.fq)[0:10]   + ".sorted.bam"   
        print('Indexing bam ... (executed command: {}\n)'.format(comnd3))

        comnd_input3  = shlex.split(comnd3)

        with open((str(self.fq)[0:10] + 'sorted.bam'), 'w') as f_index:
            Popen(comnd_input3, stdout = f_index, stderr = PIPE, cwd = 'G24/' + str(self.fq))

但是什么都没有出来

我试过了：

Popen(comnd_input, stdout = PIPE, stderr = PIPE, cwd = 'G24/' + str(self.fq))

但也没有。尝试将其保存为变量并执行 .communicate()，什么也没有。

所以我不知道我做错了什么？

谢谢，

Xp

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1 回答 1

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参考这里。

这是因为“>”重定向。我将代码修改为：

Popen(comnd, stdout = PIPE, stderr = PIPE, shell = True, cwd = 'G14/' + str(self.fq))

它奏效了。

于 2017-08-09T23:47:31.847 回答