r - 使用 igraph 从大型 csv 数据集创建邻接网络矩阵（或列表）

Question

我正在尝试在 igraph 中进行网络分析，但是在将我拥有的数据集转换为边缘列表（带有权重）时遇到了一些问题，因为列的数量不同。

数据集如下所示（当然要大得多）： 首先是主运营商 id（主运营商也可以是伙伴，反之亦然，因此 Id 在邻接中保持不变） 挑战在于伙伴的数量不同（从 0 到 40）。

IdMain IdPartner1  IdPartner2  IdPartner3 IdPartner4 .....
1      4           3           2          NA
2      3           1          NA          NA
3      1           4           7          6
4      9           6           3          NA
.
.

我的问题是如何将其转换为具有无向权重的边缘列表（仅表示交互）：

Id1 Id2 weight
1   2    2
1   3    2
1   4    1
2   3    1    
3   4    2
.   .

有没有人有提示最好的方法是什么？提前谢谢了！

Answer 1

这是一个经典的重塑任务。您可以为此使用该reshape2软件包。

text <- "IdMain IdPartner1  IdPartner2  IdPartner3 IdPartner4
1      4           3           2          NA
2      3           NA          NA         NA
3      1           4           7          6
4      9           NA          NA         NA"

data <- read.delim(text = text, sep = "")

library(reshape2)
data_melt <- reshape2::melt(data, id.vars = "IdMain")
edgelist <- data_melt[!is.na(data_melt$value), c("IdMain", "value")]

head(edgelist, 4)
#   IdMain value
# 1      1     4
# 2      2     3
# 3      3     1
# 4      4     9